生境多样性是生物群落多样性的基本条件，生境主要是无机环境，如地形、地貌、气候及水文等。生物群落多样性主要是群落组成、结构和功能的多样性。生态过程是生态系统组成、结构和功能在时间、空间上的变化，主要包括物种流、能量流、水分循环、营养物质循环、生物间的竞争、捕食和寄生等。考虑到淡水生态系统在人类生产生活和生物多样性保护中的重要作用，本定义特指包括河流、湖泊、水库、溪流、湿地在内的淡水生态系统。

水生态系统多样性的分布格局与陆地和海洋生态系统具有本质区别。陆地和海洋中的生命，基本生活在连续介质中，物种只需要适当调整其活动范围就可以适应气候和生态条件变化。但水生态系统生境相对不连续，许多物种的分布不易突破水域边界的阻隔，这就产生了三个重要的特征：①物种必须适应局部地区的气候和生态条件变化；②物种多样性通常高度特化，即使一个小湖泊或溪流系统也积累了特有的生物群落；③即使在一个物种数很低的地区，水生态系统多样性也相对较高，这是由生境异质性所致。

水生态系统多样性的影响因素主要有：①水生态系统发育的时间；②水域范围；③生境资源。此外，群落的演替过程、种间竞争以及人为或外界干扰均对生物多样性有较大影响，而这些会影响水生态系统的结构、功能及演化过程，进而会影响到水生态系统多样性特征。

人类活动是水生态系统多样性减少的重要原因，其影响可分为生物栖息环境的破坏，以及生物资源的不合理利用。前者主要包括土地利用，如围垦导致的栖息地直接丧失；人为建筑，如水利工程和堤坝建设导致的环境结构改变，以及生产废水和生活污水造成的环境污染等。后者主要包括生物资源过度利用导致的物种濒危或消亡，以及盲目引种带来的生态平衡失调，具体表现为江河阻隔引起的洄游鱼类资源灭绝，水体食物网结构受损，少数种群规模过度发展，最终导致生物多样性持续下降。

主要包括水生态系统多样性的时空变化及监测评价指标、水生态系统多样性的维持与变化机制、水生态系统多样性与生态系统结构和功能的关系、水生态系统生物多样性的恢复机理与措施、水生态系统资源保护和利用之间的协调关系等。