定义包含了3层含义：①使河湖修复到人类破坏或者改变前的自然状态。但是，由于水生态系统的演化是复杂的，影响因素很多，将河湖完全修复到与原有自然生态状况完全一致是不可能的。②水生态系统的修复既要实施适度的人工措施，又要充分发挥自然自我修复功能。③水生态修复既要有工程措施，还要有管理措施，在工程措施中包含有生物或生态工程措施。

水生态系统修复可以根据修复对象，分为河流生态修复、湖泊生态修复和湿地生态修复。

水生态系统修复原则：①遵循自然规律原则。水生态修复规划要遵循自然规律，尊重自然，顺应自然，保护自然，促进江河湖泊自然化。②保持生态完整性和多样性原则。恢复水生态系统完整性和多样性是水生态修复的关键，其核心是恢复各生态要素的自然特征，即水文情势时空变异性、河湖地貌形态空间异质性、河湖水系三维连通性、适宜生物生存的水体物理化学特性以及生物多样性。③发挥自修复能力原则。人工适度良性干扰，可为生态系统自设计、自组织创造必要条件。充分发挥生态自修复功能，既符合自然规律，又可降低工程造价。④实现多目标原则。水生态系统修复要实现生态效益与社会经济效益相统一。

水生态系统修复任务：①调节水文情势，包括环境流量设定、恢复自然水文过程、水库生态调度。②改善水生生物自然栖息地，包括河流地貌形态修复、河流蜿蜒性恢复、河湖水系连通性恢复等。③改善水质，包括水污染防治、富营养化控制、水功能区达标。④提高生物多样性，包括洄游鱼类保护，珍稀、濒危和特有物种保护，水生生物栖息地重建。总的目的是改善水生态系统的结构和功能，使之趋于自然化。

水生态系统修复规划包括：生态系统现状调查与综合评价；规划目标、任务和定量修复指标；重点工程项目设计；管理措施；成本效益分析和风险分析；监测系统与评估体系；实施效果分析及保障措施。

水生态系统修复规划要建立在生态系统现状调查与综合评价基础上，应建立河湖生态参照系统和生态状况分级系统，河流生态修复目标应定量化。要建立河湖生态监测与评估系统，通过负反馈机制，实施适应性管理。