水库是天然河流与湖泊的过渡水体类型。水库由于受到大坝工程反季节调蓄水位变动的强烈影响，水库生态系统具有湖泊静水生态系统、河流流水生态系统或兼具两者过渡型的结构与功能特征，并在空间上表现出明显的分区异质性。

在水库纵向空间上，从库尾至库首水动力强度逐渐减弱，可以分为河相区、过渡区和湖相区。①河相区位于水库库尾上游河流入库段，水深浅、流速快、水力停留时间短，泥沙含量最高、透明度较低，浮游植物生物量及生长率较低，表现为流水生态系统的特征。②过渡区通常位于水库中上段，该区流速减缓但仍具有河流特征，泥沙沉积作用有所增强，透明度升高，水体浮游植物生物量及生长率有所增加，过渡区内静水生态系统的特征逐渐加强。③湖相区为库尾深水区，水体流水进一步减缓，水深加大，泥沙含量显著降低，透明度增加，湖泊区易出现水温垂直分层现象，水体浮游植物初级生产力水平提高，但可能受到因泥沙沉积导致的营养盐缺乏的限制，具有静水湖泊生态系统的特征。

在水库横向空间上，水库因水位涨落而形成开阔深水区、水位变动频繁的消落带区、水库岸带。按照水库水深和环境情况，水库生物群落分为库岸及回水变动区群落、沿岸带群落、浅水带群落和深水带群落等4个类型。①水库最大蓄水位以上的近岸带，主要以陆生植物群落以及寄生于此的动物群落、微生物群落为主。②回水变动区由于受到水库反季节水位调节影响，植被群落退化、生境破碎化、生物量降低，形成水位变动幅度较小的缓坡型消落带，主要以一年生草本群落为主，部分区域发育挺水植物群落、浮叶植物群落和沉水植物群落带，沿岸带消费者主要包括浮游动物、底栖动物等生态类群。③沿岸浅水带生物群落包括浮游植物和一些浮游自养菌，其中浮游植物主要有甲藻、硅藻、绿藻和蓝藻等，是水库生态系统主要生产者；能供人们消费的主要包括浮游动物和鱼类，其中浮游动物多为桡足类、枝角类和轮虫，其种类组成和数量分布随浮游植物而变化；以浮游生物为食的中上层鱼类成为优势种群。④深水带生物群落以异养生物和厌氧细菌为主。

中国水库众多，已成为内陆水生态系统的重要组成。部分水库生态系统存在氮磷等营养元素过量输入，受工业重金属、有机化合物等有毒有害物质污染，以及过度养殖、水生态系统退化、消落带等生态问题。水库生态主要修复措施，除了减少外源的输入外，还包括建立库前库、曝气、生物操纵、生态调度、岸边带生态治理等工程和管理措施。