城市污水中含有一定数量的氮、磷、钾等肥料成分，可用于补充某些地区农业用水中肥料的不足。污水灌溉也是污水无害化处理的重要措施之一，利用土壤对有机物的自然净化能力使城市污水获得净化。但是城市污水是生活污水和工业废水的混合物，水质成分复杂，含有多种有毒有害化学物质和病原体，若不采取适当卫生措施，将会给人体健康带来危害。污水灌溉的主要问题及其卫生措施有四个方面。

污水灌区一般卫生状况的恶化表现在流经村民居住区的开放式污水渠含有大量污浊有臭味的污水，不仅给当地居民带来不良的感官刺激，并且积留在沟渠和洼地里，导致蚊、蝇滋生，进而增加了吸血昆虫对居民的骚扰和媒介昆虫传播某些传染病的机会。上述问题可通过加强卫生管理和基本设施的建设加以解决，如明渠改暗管、平整土地、去除积水和杂草、防止有机物堆积腐败以及建立卫生防护带等措施。另外，灌区需要安排在居民区的下风侧，距居民区500米以上，以防止厌氧分解和腐败产生的恶臭影响到居民。此外，农民下田耕作时，可因接触污水而发生皮炎，需要注意采取个人卫生防护措施。

污水灌溉田的土壤可吸收蓄积不能降解的重金属镉、汞、铅等和难以降解的有机致癌物3,4-苯并(a)芘等，这些物质最终通过食物链富集对人体健康产生危害。因此，工业废水在用于灌溉前必须进行前期处理，直至符合灌溉水质标准时才可使用。在中国，用于农田灌溉的污水需要达到《农田灌溉水质标准》（GB 5084—2005）中的处理要求。

污水渠道渗漏，污水超负荷灌溉而造成渗透，大气降水造成污水随地面溢流，这些都不可避免地造成地面水和浅层地下水的生物性和化学性污染，增加介水传播肠道传染病流行的机会，或导致水体溶解氧减少及富营养化。因此，灌溉区需要距水源地至少200米以上，在集中式供水的水源地上游1000米至下游100米的沿岸农田不得采用污水灌田。

生活污水中的病原体如细菌、病毒、寄生虫卵经污灌而沾染在农作物上，人们生吃蔬菜后可感染肠道传染病或寄生虫病。因此，提倡沟灌，不用漫灌和浇灌，并种植可食部分不接触土壤的蔬菜，如茄子、辣椒、西红柿等，以便尽量减少污水与农作物接触的机会。另外，还要严格限制使用蓄积性强、易造成农作物残留毒性的污水进行灌田。