演化经济学思想的起源可以追溯到19世纪晚期及之后T.凡勃伦^[注]、J.熊彼特^[注]、马克思^[注]和A.马歇尔^[注]的工作，但直到1982年R.纳尔逊^[注]和S.惠特^[注]出版《经济变迁的演化理论》（An Evolutionary Theory of Economic Change），通过借鉴生物学和其他复杂的科学思想，才正式确定了演化经济学的研究范式，成为现代演化经济学诞生的标志。

纳尔逊和惠特将达尔文的进化论思想应用到经济系统中，使用变异（variation）、选择（selection）和保留（retention）三步解释经济系统的演化行为。首先，个体某些属性发生变化，产生变异行为；其次，这些变异属性影响个体的适应度，适应度决定系统的选择行为；最后，系统保留适应度高的个体而去除适应度低的个体。这个过程的结果也叫作“适者生存”。在纳尔逊和惠特的文章中，公司被视作构成群体的个体，其属性是提供货物和服务，产品生产中的技术变化为变异，适应度则采用销售量来衡量，销售量高的企业被保留。

演化经济学的核心观点在于，在持久的经济变化中，生产要素的投入只是必要条件，充分条件来自新古典经济学假定前提的变化，即新偏好的形成、技术和制度的创新以及新资源的创造等，即所谓“新奇（novelty）的诞生”。也就是说，在新古典经济学中外生的“新奇”，在演化经济学中被内生化，并成为推动系统演化的根源。

演化经济学包括多个流派，如旧制度主义派、新熊彼特派、奥地利经济学派、法国调节主义和演化博弈论，其中与系统科学密切相关的是以美国圣菲研究所为代表的人工经济学研究。从20世纪80年代开始，圣菲研究所发展出一种跨学科的复杂系统理论，采用J.霍兰^[注]提出的遗传算法用于模拟个体的进化，在多主体建模（的计算机实现方面进行了广泛的实践。21世纪以来，演化经济学的建模发展日新月异，神经网络、合作博弈、图论模型、经济物理学模型等迅速涌现。

中国对演化经济学的引入和研究较晚。一般认为，贾根良发表于1994年的《进化经济学：开创新的研究程序》是中国第一篇系统介绍演化经济学的论文。中国人民大学信息管理学院陈禹等从20世纪90年代起开始计算机模拟复杂经济系统演化的研究。盛昭翰和蒋德鹏出版于2002年的《演化经济学》是中国第一部有关演化经济学的著作。2004年6月，南京大学“中德演化经济学与中国经济发展问题研究中心”成立，成为中国第一个演化经济学的专门研究机构，同年出版的《演化经济学译丛》是中国第一套演化经济学系列丛书。