在化学上，常见的杂环基元有吡咯、吲哚、吡啶、异喹啉等。烷烃、烯烃、炔烃、卤代烃等也是比较经典好用的有机基元，在合成中起到了非常重要的作用。将这些基元作为全合成的反应单元，能够合成多种具有特殊结构和性质的物质，方便了人类的生产生活，开阔了科学研究的思路。如金属有机骨架化合物（MOFs）以配合物为基元，利用金属离子和多齿配体进行自组装，得到具有多孔、大表面积的化合物，可以用作储氢材料、有机反应催化剂等；以铝卟啉为基元，能够通过自组装或和其他分子碎片组装，得到一个既能提供电子又能接收电子的系统，并以此来研究人工光合作用。

在生物上，基元往往是具有特征性序列的结构单元。比如蛋白质中的基元结构是a氨基酸，它们通过肽键连接得到蛋白质。在DNA的双螺旋结构中，螺旋/转角/螺旋结构也可以作为一个基元，转角结构可以将两段螺旋结构分开，从而调节基因的表达。