传染源离开后，应立即进行终末消毒，消毒越早，效果越好。彻底有效的终末消毒是防止疫源地病原体扩散的关键。终末消毒之后，应将该传染源排出的病原体彻底杀灭，并经过检测合格后方可重新使用。

由于终末消毒针对病原体抵抗力较强的传染病疫源地，通常使用过氧化物类、含氯类、环氧乙烷、醛类等高效消毒剂以气溶胶喷雾、喷洒、气体或烟雾熏蒸、汽雾等方式进行空气环境的消毒，辅以消毒剂浸泡、擦拭等方式对个别物品进行消毒。随着21世纪以来中国自然灾害与突发重大疫情中大规模消毒产生的环境次生危害出现，专家开始强调从无公害、无毒性的角度挑选消毒药物。过氧化物类消毒剂又重新在消毒领域获得很高评价，成为消毒剂应用的新动向。例如，过氧乙酸在低温下仍具有显著的杀微生物性能，甚至引起了美国生物战研究中心的注意。已有固体剂型出现，部分解决其液体剂型储存运输不便的缺陷。NTD（“no-touch”automated room disinfection）系统可以减少或摆脱消毒物质的分布、接触时间以及过程可重复性对人员的依赖，以达到提高消毒水平减少病原微生物传播的风险。新型NTD系统主要包括过氧化氢汽雾系统、过氧化氢气体系统、紫外线辐射系统与脉冲氙紫外辐射系统等，有望成为空气物体表面一体化终末消毒的新技术手段。

终末消毒一般只进行一次，只有极少数病原体抵抗力强，污染物对消毒方法又有所限制的传染病疫源地，（如炭疽、结核病人的居室），需重复进行2～6次。对一些在外界抵抗力很弱，病原体排出体外后很快死亡的传染病，如麻疹、白喉等，一般不需要做终末消毒。

终末消毒可按照以下作用方式开展。

①甲类传染病和乙类传染病中的传染性非典型肺炎、艾滋病、肺炭疽和人感染高致病性禽流感等的疫源地，应由当地疾控机构负责进行终末消毒。②乙类传染病中的病毒性肝炎、细菌性痢疾、伤寒和副伤寒、脊髓灰质炎、白喉等，必须按照当地疾控机构提出的卫生要求，由病人的陪伴者（或所在单位，或由当地疾控机构组织人员）进行消毒处理。③在医院中对传染病病人的终末消毒由医院安排专职人员进行。

①消毒人员接到传染病消毒通知后，应在规定时间内迅速赶赴疫点开展终末消毒工作。②在出发前，应检查所需消毒用具、消毒剂和防护用品，做好准备工作。③消毒人员到达疫点，首先查对门牌号和病人姓名，并向有关人员说明来意，做好防疫知识宣传，禁止无关人员进入消毒区域内。④脱掉外衣，放在自己带来的布袋中（不要放在污染或可能受到污染的地方）。更换隔离服、胶鞋、戴上口罩、帽子。如用过氧乙酸、含氯制剂等具有刺激性气味消毒剂时，必须戴防护眼镜。⑤仔细了解病员患病前和患病期间居住的房间、活动场所，用过的物品、家具、吐泻物、吐泻物倾倒或存放地点，以及污水排放处等，以便确定消毒范围，并根据不同对象及其污染情况，选择适宜的消毒方法。⑥进入疫点时，应先消毒有关通道。⑦测量污染范围内需消毒的房屋及地面和体积，以及需消毒的污物量。⑧必要时，检验人员对不同消毒对象进行消毒前采样。⑨消毒前应关闭门窗，将水缸盖好，将未被污染的贵重衣物、饮食类物品、名贵字画及陈列物品收藏好。⑩如为呼吸道传染病，可使用压缩式喷雾、气溶胶喷雾或消毒剂熏蒸法对室内空气进行消毒。⑪如为肠道传染病，在关闭门窗前，应先在室内灭蝇，然后在进行其他消毒。⑫消毒室内地面、墙壁、家具和陈设物品时，应按照先上后下，先左后右，依次进行。⑬病人用过的餐（饮）具的消毒，病人污染的衣物如不能集中在消毒站消毒时，可在疫点进行煮沸或浸泡消毒。进行浸泡消毒时，必须使消毒液浸透被消毒物品。进行擦拭消毒时，必须反复擦拭2～3次。对污染重、经济价值不大的物品，征得病家同意后进行焚烧。⑭室内消毒后，应对厕所、垃圾、下水道口、自来水龙头或引用水井等进行消毒。⑮对病人密切接触者进行卫生处理。⑯疫点消毒工作完毕后，先对消毒人员的衣物、胶靴喷洒消毒后再脱下。脱下的衣物，应将污染面向内卷在一起，放在布袋中带回消毒。将所用消毒工具表面以消毒剂进行擦拭消毒。⑰到达规定的消毒作用时间后，检验人员对不同消毒对象进行消毒后采样。⑱填写疫点终末消毒工作记录。⑲离开病家前，告诉病家开窗通风，擦拭打扫。

终末消毒可完全消除传染源所播散的、遗留在居室和各种物体上的存活的病原体，使疫点或疫区彻底无害化。因此，及时而彻底地进行终末消毒，是控制疫源地扩散、防止传染病传播的重要措施。终末消毒相关的技术在消毒效果上均能达到可靠效果，但在人员环境使用安全性、物料相容性等方面尚有缺陷，尚需研发更加高效、环保、安全的消毒技术。此外，还应根据流行病学调查与病原微生物检测确定消毒范围与措施，防止过度消毒，做到科学消毒，规范消毒。