水资源配置方案一般应反映经济社会发展用水与生态环境保护用水之间的水量配置、不同流域或区域之间的水量配置、不同水源之间供水量配置、不同用水部门之间的用水量配置，以及重大水源工程的布局与水资源综合利用功能之间的协调等。

水资源配置方案的主要内容包括：①配置对象及目标确定。根据规划区所在区域或流域的水资源及其开发利用基本情况，结合规划区经济社会发展、生态环境保护、水资源开发利用等总体目标要求，梳理并确定水资源配置的对象，并合理制定水资源配置的分项目标。配置对象包括水资源配置的范围、主要配置工程、供水水源、用水部门等。分项目标包括河道外和河道内用水需求量、不同水源可供水量、用水总量与用水效率控制指标、供水保证率等。②水资源平衡分析。根据水资源配置对象及所在区域水资源信息，绘制反映水力水量联系的水资源系统图，采用长系列或典型年方法，分别进行河道外与河道内的水量平衡分析，提出不同来水条件、不同供水方案、不同需水方案下的水资源供需分析成果。③水资源配置方案分析。基于水资源供需分析方案成果，按照公平、高效、可以持续的原则，对水资源供需分析方案成果进行多目标协同、多主体利益协调，并结合重大供水工程科学论证及建设时序情况，提出以可供水量为主要依据、满足水资源配置总体目标及各分项目标要求下的水资源配置方案成果。④水资源配置方案拟定。综合水资源供需分析成果与水资源配置方案分析成果，结合需水合理性、供水可达性、水资源调配管理措施要求等，经过多目标分析与多利益方协调和方案比选后，提出水资源配置的推荐方案。

水资源配置的实质是对水资源使用权的初始分配，是对水资源资产及公共服务功能在不同权益体之间的利益再调整，既有技术经济因素，也包括社会政治因素。因此，水资源配置应从受水区的供水和用水的单因素配置，拓展到各种因素的协同配置，包括水量与水质的统一配置、经济社会用水与生态环境保护用水的统一配置、河道外用水与河道内用水的统一配置、实体水与虚拟水的统一配置等。水资源配置方案分析是以水量平衡为基础，综合采用多目标、群决策等系统分析技术，经过技术协调和科学比选后，提出水资源配置推荐方案。需要对推荐方案成果进行合理性分析，主要包括流域及区域的水资源量与耗水量的水量平衡分析，河道外用水的合理性及对河道内用水的保障状况分析，配置方案的公平性及可持续性分析，配置方案与相关流域或区域规划的协调性和相符性分析，配置方案的社会、经济、生态、环境等影响和评估分析等。

水资源配置方案应与需水方案、供水方案及水资源供需分析方案同步拟定，并需要与水资源需求预测、可供水量预测以及供需平衡预测结果相协调与反馈。水资源配置方案拟定主要包括：①在水资源需求方面，根据经济社会发展规划、生态环境保护规划等，在厉行节约保护、控制用水总量等前提下，拟定不同发展情景、不同节水要求下的需水方案。②在供水工程方面，应在国家或流域所确定的水资源配置总体格局框架下，根据水资源承载能力及开发利用潜力，结合用水需求，依据相关规划，拟定水资源配置工程布局及其供水工程组合方案。重大水资源配置工程方案应按照确有需要、生态无害、可以持续的要求进行科学论证和方案比选。③在供水水源安排方面，统筹多水源综合利用的需要，拟定地表水、地下水、外调水及其他供水的可供水量组合方案。④在供需分析方面，绘制水资源系统分析图，结合需水方案、供水工程方案、可供水量方案等，拟定水资源供需分析方案。⑤在水资源配置方面，以水资源供需分析方案为基础，采用多目标、群决策等技术方法进行综合分析、协调平衡，提出寻求最大公约数的方案作为推荐方案。