底泥指天然水体（江、河、湖泊、水库和海洋等）底部的沉积物。底泥来源于土壤、生物体等，由水体、大气、冰川等从其原所在地带入江河湖海沉积而成。水体中污染物通过水体中的腐殖质、微生物、泥沙及土壤微颗粒的表面吸附作用等发生一系列的沉淀、吸附、化合、分解、络合等物理化学及生物转化作用，对水中污染物质的自净、降解、迁移、转化等过程起着重要作用，同时底泥的污染程度又直接影响水体质量。通过底泥样品的监测，可以了解水体的现状，还可通过对不同层次底泥样品的监测了解其沉积和污染历史，从中了解其规律，推测在一定时期内可能造成的污染情况。因此，底泥的环境调查是水系调查的重要组成部分之一。

有关底泥的采样需视所调查的目的和范围而确定。主要考虑的因素有：调查目的、范围、监测目标、经济上的承受能力等。和其他环境样品的采集一样，底泥采样最重要的是要取得具有代表性的样品。底泥采样比土壤、水体采样更困难。

采样的设置一般须和水样采集相一致，尽量做到同步采样，以利于环境数据的分析。对于河流一般采用断面设置。对于宽度100米以上时，可左、中、右各布置一个采样点，左右两点应设在有明显水流处；河宽50～100米时，在距岸约5米有代表性的位置各设一个采样点；河宽50米以下只在中心设一个采样点。对湖泊水库的采样一般应在主要出入水口按河流采样布点，湖心区沿水流方向及滞流区各断面布置1～2个采样点，同时在湖区及水库区的较大排污口区应该设置控制断面进行采样。在湖区相对清洁区要设置对照区采样点。对较大范围湖区的调查需按方格形布置，在某些需详细调查的地区则设置更密的布样点。同一采样点应采样2～3次，将各样品混合均匀分装。

对于近海，要特别注意了解海床的结构及江河入海口的情况。入海口一般是大量底泥沉积的主要地区。海洋底泥采样一般与海洋地质调查结合进行。采样点的布点随海洋调查方式而异。采样方法有表层采样、拖网采样和柱状采样。

调查湖泊、河流等陆地水体底泥状况时，使用最多的是抓斗式采样器（图1）。它只适合于采集底泥表层。为了解底泥的沉积情况，可利用柱状采样器于江河、湖泊、海洋底泥的采样。典型的柱状采样器见图2所示，所采集的柱状样品按一定间隔分割后分别保存。通过各段样品的同位素测定可了解其沉积年代，进而了解有关底泥的污染历史。

图1 抓斗式底泥采样器

图2 柱状底泥采样器

所采得的样品应滤去水分，去除杂质及动植物残体。保存样品的器皿应根据所需测定的内容而选取合适的容器。供无机分析的样品可用塑料瓶或专用聚乙烯采样袋包装，供有机分析的样品应用玻璃瓶保存。及时做好采样记录，其中除一般内容外还应包括底泥样品的外观性状，如泥质状态、温度、颜色、气味、生物现象等。样品应尽快冷冻保存，以防微生物的分解作用而使样品中某些组分被改变。