自20世纪80年来以来，中国十分重视大型水利工程环境影响评价工作，引进国际上环境影响评价理论、评价方法以及工程案例和管理经验。1982年水利部颁布了《关于水利工程环境影响评价若干规定》，1988年水利部、能源部颁布了《水利水电工程环境影响评价规范（试行）》（SDJ 302—88），2003年原国家环境保护总局、水利部共同发布了《环境影响评价技术导则—水利水电工程》（HJ/T 88—2003），水利工程环境影响评价技术及制度体系不断完善。进入21世纪以来，中国先后开展了长江、黄河、淮河、松花江等大江大河防洪工程，南水北调等跨流域调水工程，以及城市供水、重要灌区等一大批水利工程环境影响评价。针对水资源、水环境、生态环境及移民、施工等重点环境影响及重大保护措施开展了系列专项研究，在珍稀濒危物种及栖息地保护、洄游水生动物影响评价及过鱼设施、鱼类增殖放流技术设计及研究，大型水库水温分层及下泄低温水预测模型及实验观测、分层取水措施技术设计，移民环境保护规划及措施、施工期环保措施技术等方面都取得进展。

水利工程环境影响评价工作一般分为三个阶段，即前期准备、调研和工作方案制定阶段，分析论证和预测评价阶段，环境影响评价文件编制阶段。评价原则包括依法评价原则、与规划环境影响评价联动原则、早期介入原则、完整性原则及信息化原则。水利工程环境影响评价应遵守相关规划环境影响评价对项目的指导与约束要求，研究有关法规、规划和工程设计文件，开展环境影响因素识别和评价因子筛选，确定环境影响评价等级、评价范围和评价重点，开展现状调查及预测评价等工作，编制环境影响报告书。水利工程环境影响评价文件内容主要包括：工程概况、工程分析、工程影响区环境现状调查与评价，环境影响识别、环境影响预测和评价、环境保护对策措施、环境监测与管理、投资估算与环境影响经济损益分析、环境风险分析、公众参与和评价结论等。水利工程环境影响评价要素主要包括水文、泥沙、局地气候、水环境、环境地质、土壤环境、陆生生态、水生生态、生态完整性与敏感生态环境问题、环境空气、声环境、固体废物、人群健康、景观和文物、移民及社会经济等。

水利工程由于工程规模大，施工周期长，尤其是大型综合枢纽工程的修建和梯级开发，必将引起河流水文情势改变，对流域和区域生态环境产生深远的影响。水利工程类型多样、性质复杂，防洪、排涝、引调水、灌溉及供水等不同类型的水利工程在开发功能、建设特点和调度运行等及对生态环境影响的差异很大。水利工程对环境的影响主要为非污染生态影响，评价时段分为施工期和运行期，评价范围涵盖工程所在河流上游及水库库区，工程下游区域及跨流域调水区域，还包括施工区及移民安置区等，工程对环境的作用因素或影响源主要有施工活动、淹没、移民安置及水工建筑物阻隔作用和工程调度运行等。

对跨流域引调水、梯级开发和大型综合性枢纽等重大水利工程，应把握不同类型水利工程特点和流域区域环境特点，开展环境敏感区调查及环境制约因素分析，采用数学模型、类比分析、地理信息技术或其他定量、定性分析方法对水利工程建设对流域区域水资源、水文情势、水温、水质、地下水、珍稀保护动植物及其栖息生境的影响进行预测评价。同时，遵循严守生态保护红线的原则，协调水利发展和生态保护的关系，加强工程规模及建设方案的环境合理性分析论证；对具有供水任务的项目，还应加强工程供水水质安全保障论证；充分考虑鱼类繁殖及湿地保护等河道内生态环境用水需求，合理确定河道内生态流量过程并开展满足程度评价；结合环境敏感区和珍稀保护动植物等敏感保护对象栖息生境等影响论证内容，强化生态流量泄放设施、分层取水设施、过鱼设施、水源区及供水水质保护措施、受损生态敏感区生态修复措施等重大环境保护对策措施的论证工作。