预防的主要目的是消灭或消除疾病（或伤害），或将疾病（或伤害）和残疾对生活质量的影响降到最低，如果这些难以实现，至少推迟疾病的发生、或延缓疾病和残疾的发展。其中，消灭（eradication）是指通过监测和围堵等措施，消灭传染病病原体，从而终止所有的疾病传播。消除（elimination）是将疾病的传播减少到事先规定的一个非常低的水平，但不是消灭某一疾病。

疾病自然史大致可以分为易感期、亚临床疾病期、临床疾病期和康复期。在亚临床疾病期，传染病中常用潜伏期表示病原体侵入机体至开始出现临床症状和体征的一段时间。而在慢性非传染性疾病中，则用诱导期表示从暴露于病因因子到疾病开始所经历的时间；用潜隐期表示从暴露于病因因子到出现疾病表现所经历的时间。在这种定义中，潜隐期包含诱导期。关于潜隐期，还有另外一种常用的定义，即从疾病开始到出现疾病表现所经历的时间，这时潜隐期紧接着诱导期之后，两个阶段不重叠。

针对疾病自然史的不同阶段特点，选择不同的疾病预防策略。

20世纪60年代美国哈佛大学的G.卡普兰（Gerald Caplan）提出了疾病预防的三级预防理论。

针对疾病的不同阶段，在目标人群按照三个等级采取相应的公共卫生分级预防措施包括，防止疾病的发生，阻止或延缓其发展，最大限度地减少疾病造成的危害，称为三级预防。三级预防是以全民为对象，以健康为目标，以预防疾病为中心的预防保健原则，是预防医学工作的基本原则与核心策略。随着现代医学的发展。预防医学和临床医学也在相互渗透和相互促进，现代预防的概念已融入疾病发生发展转归的全过程。

很多情况下，疾病自然史的各个阶段间很难划出明确的界限，所以将这三级预防截然区分开来也存在一定的困难，三者在概念上或实践中有时会有一定的重叠。另外，同类措施会因预防的目标疾病不同而属于不同级的预防。例如，治疗高血压以控制血压水平到正常范围，对于心血管疾病的预防来说属于第一级预防，即危险因素的干预，而对于高血压病的预防来说，则属于第二级和第三级预防。

与传统的疾病预防理念相比，全球疾病预防策略发生了一些转变，例如，从关注疾病转向关注危险因素，从关注近端危险因素转向关注远端危险因素，强调常见危险因素控制；预防策略上突出了一级预防、全人群策略和整合的危险因素管理的重要性；大力开展监测活动，实现真正意义的循证决策，等等。

针对疾病发展的不同阶段，可以采取分级预防的策略。三级预防为现代医学科学理论和卫生实践提出了发展方向，是建立现代健康观和维护健康的需要。三级预防理论认为健康的动态平衡受众多因素影响，通过干预这些因素可以维护健康，健康-疾病是一个连续谱，人们可以通过三级预防手段来调控这个连续谱，即用三级预防的思维方式，对影响健康的环境因素、生活行为方式、卫生服务和生物因素进行研究和干预、使维护健康做到事半功倍。