锰是人体必需的营养元素。锰在地壳中的平均丰度为950ppm（百万分之一），是微量元素中丰度最大的。自然界以锰矿石（氧化锰、碳酸锰、硅酸锰）存在，海底有由锰堆积的锰结核。锰在工业上主要用于制造锰铁和锰合金，锰铁和二氧化锰用于制造电焊条，二氧化锰又用于制造干电池的去极剂。此外，在生产玻璃着色剂、染料、油漆、颜料、火柴、肥皂、人造橡胶、塑料、农药等工业中也用锰及其化合物做原料。生产上述产品的工厂以及锰的采矿场和冶炼厂，是锰的主要污染源。

冶炼锰、锰合金和使用锰的厂矿及其周围的大气中，以气溶胶形态存在的锰，其含量超过500微克/米³，可造成工人职业性的锰中毒。大气中锰的氧化物和其他金属氧化物一起，能在二氧化硫转化为硫酸或硫酸盐的反应中起催化作用。

水中的二价锰对人、畜和水生生物的毒性很小。但低浓度的锰会影响水的色、嗅、味性状。锰浓度为0.15毫克/升时，水出现浑浊；锰浓度为0.5毫克/升时，水有金属味；氯化锰浓度为1.0毫克/升和硫酸锰浓度为4.0毫克/升时，水便有感觉出味强度为1级的异味。二氧化锰可使水染成红色，吸着在工业品上，会产生难看的斑点。

在岩石风化为土壤的过程中，锰既不因土壤淋溶而损失，也不会大量富集。除了自然循环以外，对土壤含锰量影响最大的是来自大气中的锰。受锰污染的土壤主要是酸性土壤，可使某些植物发生锰中毒。

工业生产中锰主要通过呼吸道进入机体，并对人的神经、生殖、呼吸等系统产生不同程度的损害。锰的生殖毒性方面，电焊女工月经的经量增加、周期缩短、经期延长、白带增加，发病率高，自然流产率、早产率增高。锰中毒男工精子存活率下降，畸形率增高。在接触氧化锰粉尘的工人中，肺炎的发病率和死亡率都增高。锰能致肝损害，引起胆汁郁积、肝组织生化改变及细胞坏死。锰有心血管毒性，可引起动物心肌的兴奋与收缩分离，以致心脏收缩功能降低；而且可以使血管平滑肌的兴奋-收缩偶联阻滞，引起低血压。

《生活饮用水卫生标准》（GB 5749—2022）规定生活饮用水中锰的含量不得超过0.1毫克/升。《地下水质量标准》（GB/T 14848—2017）规定的地下水质量分类指标中锰的Ⅰ～Ⅴ类限值分别为≤0.05，≤0.05，≤0.1，≤1.0，＞1.0毫克/升。《地表水环境质量标准》（GB 3838—2002）集中式生活饮用水地表水源地补充项目锰的标准限值为0.1毫克/升。《污水综合排放标准》（GB 8978—1996）规定一般单位污水中总锰的最高允许排放浓度为2.0毫克/升（一级）、2.0毫克/升（二级）和5.0毫克/升（三级）。

锰的分析方法主要有，原子吸收法，高碘酸钾氧化法和甲醛肟法。《地表水环境质量标准》（GB 3838—2002）规定地表水中锰的分析方法为高碘酸钾分光光度法、火焰原子吸收分光光度法和甲醛肟光度法。