共同存古无法为一个语族内相关语言之间的语言分群关系提供证明，即无论是否属于同一分群，都可能发生共同存古。例如，对于印欧语系语言中原初的k音，所有西部语言（希腊语、拉丁语、凯尔特语、日耳曼语）中都保留着硬音，所有东部语言（斯拉夫语、伊朗语言、印度语言）中却呈现出咝音。保留硬音的可以看作原始印欧语的共同存古。又如尤马语中，原始尤马语（Proto-Yuman）的*č-保留在北部尤马诸语中，而南部尤马诸语通常根据*č-＞t-的规则发生共同创新（shared innovation）。这里的“北部”只是地理上的指称，北部尤马诸语中的具体语种分属科罗拉多河子群和帕伊或亚利桑那子群。再如汉语中的“摄”字，在山东方言和闽南方言中都有读为泥母的情况，来源甚早（早于《切韵》），分布广袤，或许不是简单的误读，而是一种共同存古现象。

共同存古与共同创新应严格区分。共同存古只是后代语言从原始语继承下来且没有发生变化的语言特征，并不反映这些语言在原始语分化后经历了共同的发展。比如汉语很多方言都保留端母字读t-的特点，它就没有划分方言谱系的意义。但很多亲属语言（方言）的谱系分类没有对创新和存古进行区分，例如确定吴方言的标准是系统保留全浊声母，而确定官话的标准是全浊声母清化后平声送气仄声不送气，前者是存古，后者是创新。只有“独特的共同创新”才能说明一组语言（方言）有共同发展时期，进行谱系分类时应严格将共同存古排除。