一般根据鱼类生活史和河口利用方式，将其分为6种主要类型：①淡水鱼类。整个生命周期都在河口的邻近河流区域的淡水环境中度过，终生生活在盐度小于5的水域中。②河口鱼类。这些鱼类生活于盐度变化很快，流态复杂的河口，不仅具有很强的渗透压变化的能力，在形态结构上也具有高度的适应性。③降海鱼类。④溯河鱼类。⑤海洋偶见鱼类。生活史中大部分时间在海洋中，偶尔到河口进行索饵。⑥海洋鱼类。整个生个生命周期中，至少有一周期在河口完成，产卵、幼鱼肥育或成鱼索饵。

根据河口鱼类的生活栖息方式及生态特性也可将其分为：①浅水鱼类。靠近海岸的称为沿岸鱼类。生活在河口边缘、沼泽、海草床和退潮后形成的潮滩水洼里，通常个体很小（成体小于10厘米），无迁徙行为，主要摄食桡足类、端足类和其他小型动物。②中上层鱼类。生活在近表层自由游泳的肉食性种类，有较强的迁徙行为，是海岸渔业的基础。③底层鱼类。生活在河口的底质上或近底层，是河口最多样化的鱼类，有两种类型，一种是底层取食者，主要摄食无脊椎动物和碎屑；另一种是移动捕食者，是具有捕食运动能力较强肉食者。

另外，还可以根据河口鱼类的食性，分为浮游生物碎屑食性鱼类、无脊椎动物食性鱼类、游泳生物食性鱼类和混合食性鱼类；根据适温型，分为暖水性鱼类、暖温性鱼类、冷水性和冷温性鱼类；根据鱼类对盐度的适应差异性，分为广盐海水型、半咸水型、狭海水型、淡水寡盐型、海水洄游型和淡水洄游型；根据分布特性和范围，分为淡水型、半咸水型、沿岸型和近海型。

河口鱼类可以从形态、生理和行为上适应外部环境渗透压的变化，来维护近乎恒定的内部渗透压。河口鱼类的渗透性很小的皮肤鳞片及黏层液，可减少鱼类在咸水中离子和水的交换；通过鳃运输特定的离子进行生理性调节；通过主动的运动，鱼类能够避开其盐度、温度、解氧、悬浮泥沙等耐受范围以外的大的变化。比如很多自游种类在河口上下运动及适应盐度的变化。温度和盐度是影响鱼类新陈代谢的主要因素之一，其变化波动对鱼卵仔稚鱼的形态发育和生长都会产生直接影响。外界温度条件能够作用于鱼类的脑垂体分泌促性腺激素，影响鱼体的排卵和产卵行为，温度的变化直接影响和限制鱼类的生理变化和行为反，盐度对鱼类种群分布的影响与鱼类本身特性有关，鱼卵及幼虫期对盐度的适应范围较窄。随着仔稚鱼的生长，对盐度的适应性也逐渐增强，河口区域盐度一旦发生变化，鱼类为了维持渗透压平衡，需要移动至合适的分布区摄食生长。

由于河口区环境理化条件较为复杂，能够适应河口多变环境的鱼类较少（见河口渔业资源种类），但是具有较大的种群规模。比如，热带河口鱼类主要集中在鲱形目、鲻形目和鳐形目等，温带河口鱼类则主要集中在鲤形目、鲈形目和鳗鲡目等。河口复杂易变的水流和盐度环境影响河口生物的迁移。除河口鱼类，其他生态类型的鱼类组成在不同季节、不同潮汐阶段有所不同。

随着经济的快速发展，河口水域污染、各种水利和港口工程的修建、渔业资源的过度捕捞等，给河口水域生态环境造成很大破坏，大多数河口鱼类资源的处于退化中，河口生态环境质量和生物多样性面临严重威胁，保护河口鱼类和生态环境，已经是一项紧迫任务，开展河口鱼类种类调查和监测，对全面了解河口鱼类现状及合理开发和保护具有重要意义。