渔业管理的主要目的是在管理过程中确保利益相关者的行为合理化，以利于渔业资源的可持续利用和生态系统的平衡与稳定。研究者依据实地调查和生产实践的需要，概括、提出并实践着各种渔业管理模式，其中最主要的有三种：①基于社区的渔业管理^[注]。指应用渔民及其社会的力量来对公共渔业资源的使用权进行管理。这种管理最重要的就是强调了作为最重要的利益相关者——渔民主体及其社区的作用。依照具体的渔业管理制度，可以将基于社区的渔业管理分为两类：以投入控制为基础的社区管理和以产出控制或配额为基础的社区管理。前者主要运用的制度是“投入控制”，即对渔船船舶数量和动力、作业时间、渔具规格、捕捞准入等进行有计划的控制。以产出控制或配额为基础的社区管理主要采用的是总量控制法，即由国家确定总量，然后以社区的名义分得相应的配额，由社区自行掌握配额的分配权。如澳大利亚渔业的最大经济产量（见渔业最大经济产量）管理结果显示，虽然短期内区域的整体利益会受到一定损害，但是从长远来看，这种管理对社会会产生有利的净经济效益，沿海渔业社区也会因此受益。②渔业的共同管理^[注]。强调利益相关者之间的共同协商，这些利益相关者包括渔民及其家庭、渔民组织、渔业管理者、国家渔业部门、渔业科学专家和技术人员、渔业社区管理者和民间组织等。不同的利益相关者具有不同的作用。渔业的共同管理注重的是在管理过程中协调各利益相关者之间的关系，即渔民与国家之间的关系、渔民与渔业科学家之间的关系、渔民相互之间的关系、渔民与其环境之间关系。③基于生态系统的渔业管理^[注]。相比注重于人人关系的前两种渔业管理，基于生态系统的渔业管理被越来越多的国家和民众所认可，因为这种管理模式不仅注重人人关系，也注重人与自然环境之间的关系，是以自然生态系统为基础进行的管理。联合国粮食及农业组织认为，渔业生态系统方法的目的是规划、发展和管理海洋渔业的一种方式，这种方式既能满足当代社会的多种需求与欲望，又不损害子孙后代从海洋生态系统所提供的全方位的商品和服务中进行受益的选择。这种方法通过考虑系统构成中生物、非生物和人类的知识和不确定性以及它们之间的相互作用，在生态意义的界限中运用一种综合的方法均衡不同的社会目标。基于生态系统方法的渔业管理应遵循以下原则：应尽可能地限制渔业施加于生态系统上的影响；应维持渔获物种、附属物种及其相关物种之间的生态关系；因为关于生态系统的知识是不完整的，所以需应用管理措施；治理应确保人类和生态系统的福祉权益。