水生生物群落包括水生植物、水生动物和水生微生物群落三大类型。根据栖息地类型可以分为海洋生物群落和淡水生物群落。前者一般包括大洋生物群落、深海生物群落和近岸水域生物群落，如中西太中上层鱼类群落、极地生物群落、热液口生物群落、上升流区生物群落、河口生物群落、岩相/软相潮间带生物群落、海藻场/海草床生物群落、红树林生物群落，以及生物多样性最丰富的珊瑚礁生物群落等。后者包括河流生物群落、湖泊生物群落、湿地生物群落等。

水生生物群落结构包含三个方面：时间结构、空间结构和营养结构。时间结构指水生生物群落组成在各种时间序列上的动态变化，大到几十年甚至上百年，小到一个潮周期，此外还包括昼夜、日、月、季度和年变化等，而季度以上的时间尺度通常用演替来代表群落的变化。空间结构指水生生物在各种水体或地质环境中栖息分布的格局状态，一般包含从近岸到大洋或湖泊中央的水平分布和水体表层到底层的垂直分布两个方面，实际上水生生物的空间结构就是指它们长期进化后形成的空间生态位聚合体。不同种类的水生动植物往往有其适宜栖息生长的空间，由此形成的空间分布模式构成了群落的空间格局。营养结构指水生生物群落中各个种类间食与被食的摄食关系，由此形成的食物链和食物网加之每一特定营养级所代表的功能群生物所构成的一个复杂关系网。

群落结构的特征主要表现在种类组成、群落外貌、垂直结构和水平结构方面。群落的生物种类是群落结构的基础；群落的外貌和结构是群落中生物之间、生物与环境之间相互关系的标志。群落中的各种生物对周围的生态环境都有一定的要求，周围环境起了变化，它们就会产生相应的反应，表现为群落中生物的种类和数量的增减；群落外貌、垂直结构和水平结构也随之发生变化。

因此，要阐述清楚特定水域的水生生物群落结构，需要在研究的过程中，逐步查清群落中的种类组成信息，即有多少个物种，每一物种对群落的作用或贡献如何（用优势种、关键种和冗余种等来表示），这些物种在空间上呈现出怎样的生态位分化格局，在不同时间尺度上表现出哪些规律的变化，而在营养关系上又存在哪些重要特征。