渔业资源调查是一项历史悠久的工作。早在19世纪中期，由于渔业捕捞工具和设备较为简单，渔业生产仅能在沿岸及其附近海域进行生产活动，渔业资源调查基本上是采用间接调查方法，即通过走访调查的形式进行。到了19世纪后期，随着动力渔船的发展，渔业资源调查方法有了很大发展，能够到离岸较远的海域进行调查。1902年，欧洲波罗的海和北海八个沿岸国家在丹麦首都哥本哈根成立国际海洋考察理事会，组织、指导、协调大西洋及邻近水域渔业资源及其环境调查，促进了渔业资源调查方法的发展。此后，标志放流法、拖网试捕法等较广泛地应用于渔业资源调查中。1929年，水声探鱼技术首次被用于渔场的探察，用来寻找、确定鱼群的中心位置。1935年，科学家首次利用回波探测仪记录大西洋鳕鱼的垂直分布映像，开创了水声技术在渔业研究的先河。20世纪60年代以来，随着人类对海洋生物资源的需求不断增加，以及200海里专属经济区的建立，世界各国对各大洋区的渔业资源进行了大量的调查研究，主要有科学调查船的科学调查和生产渔船的探捕调查等两种方法。在科学调查船中，随着声学资源评估技术发展逐渐完善，进入定量应用和三维动态估算阶段，为科学估算渔业资源生物量提供了新的科学手段。

在中国，20世纪70年代以前，由于经济落后和工业技术的不发达，渔业资源调查以试捕为主。80年代开始引入声学调查，但只作为试捕调查的辅助方法。依据渔业资源调查的目的和内容，中国渔业资源调查通常可分为综合性调查、区域性调查和专项调查。综合性调查是开展的包括物理海洋、气象、地质、化学、生物学等多学科的联合调查，通常是多个部门或学科共同参与。如1959年开展的全国海洋普查与渔捞试捕调查，1982～1986年开展的全国渔业区划调查，1997～2000年开展的126专项调查项目“中国专属经济区大陆架勘测”，以及2014～2018年“中国近海渔业资源和栖息环境调查”。区域性调查是为了解和掌握某一海域渔业资源状况进行的调查，其项目内容要根据目标而定，如20世纪60年代开展的三次“渤海渔业资源调查”，70年代的“闽南-台湾浅滩的渔业资源调查”，80年代初的“东海大陆架外缘和大陆坡深海渔场综合调查”；21世纪以来“中韩、中日、中越暂定措施水域渔业资源调查”等项目。专项调查是针对某一种类为了达到某一调查目标而开展的渔业资源调查，如1959年对黄海南部、东海北部渔场进行拖网试捕调查，1960年对带鱼、小黄鱼和大黄鱼等越冬产卵场进行的调查，20世纪70年代末对东海中、南部的绿鳍马面鲀产卵场拖网试捕调查，80年代东海带鱼幼鱼保护区调查，1989～1992年的日本海太平洋褶柔鱼资源与渔场调查，1993～1999年西北太平洋柔鱼资源与渔场调查，2003～2005年印度洋西北部鸢乌贼资源渔场调查等。21世纪以来，中国近海渔业资源调查多聚焦于管理性调查，即通过调查手段为渔业资源开发、养护和管理服务，如吕泗渔场小黄鱼、银鲳国家级水产种质资源保护区、东海带鱼国家级水产种质资源保护区等。2014年开始的中国沿岸主要经济种类产卵场调查，目标也是为确定产卵场范围，划定渔业生态保护红线提供科学的理论依据。