超导高梯度磁分离技术主要应用在选矿、水处理和其他领域。①选矿，煤的脱硫降灰，原油脱硫，半角岩矿和高岭土提纯，低品位或尾料的富集（如金矿、铀矿、铬矿、锰矿、铁矿等各种矿渣的富集）等。②水处理，工业废水中除去重金属离子（Cu、Ni、Sn、Pb、Cr、Cd、Fe和Hg），添加Fe₂O₃净化污水，利用磁晶种技术（明矾和磁铁矿）净化生活用水，从热核反应堆冷却系统中清除放射性污染物。③其他方面，如弱磁性细粒脱溶物的回收，从全血中分离红细胞，从骨髓中分离癌细胞等。

超导高梯度磁分离装置有些已经商品化，并在工业性矿物的选矿中发挥作用；有些还处在示范应用阶段。