海洋水文地质调查的内容包括：①陆相与海相或海陆交互相沉积关系，地层结构、岩性及厚度变化特征，沉积相与地下水及其水质形成的关系；②河口三角洲的分布范围及发育变迁规律；③沿海沼泽、湿地的成因及分布范围，与地下水的关系；④咸、淡水体的分布范围，咸、淡水界面及其变化规律；⑤淡水层透镜体的分布范围、厚度和开发利用前景；⑥咸水区中，淡水泉的成因、补给来源、出露条件、水质和水量；⑦古河道带的分布及特征；⑧地下水与河水、海水的水力联系与补排关系；⑨海水入侵范围及地下水水质的变化特征。

海洋水文地质调查采用的方法包括远红外遥感测量、海洋水文测量（温盐深）、海底沉积物调查、地球物理调查、地球化学示踪（放射性同位素）、地质钻探、水文地质试验、地下水模型计算及现场监测等。根据海岸带地下水分布差异性，有针对性地开展粉砂-淤泥质、砂质、基岩、生物（红树木、珊瑚礁、海草床）等不同类型海岸的海底地下水调查。

海洋水文地质调查可为海洋及海岸带地下水资源合理开发、生态环境保护和经济建设的协调发展提供海洋水文地质基础资料和数据。