《水文地质工程地质》的刊登范围随着学科的发展进行了适当拓展，主要报道水文地质与水资源、工程地质、地质灾害、环境地质、生态地质、地热地质等专业领域前沿研究成果，读者对象为国内外相关领域科研院所的教师、研究生及科技人员。1957年1月，《水文地质工程地质》在北京创刊。1959年，中国学者、时任中国科学院院长郭沫若先生为《水文地质工程地质》题写了刊名。1960年7月，因故停刊。1966年，不定期出版两期。1979年1月，《水文地质工程地质》在两度停刊近20年后正式复刊，并从总第45期起由月刊改为双月刊。1982年7月，该刊主管单位由国家地质总局水文局和地质出版社划归至原地质矿产部水文司；1983年3月，又划归地质出版社管理。1989年12月，《水文地质工程地质》编辑部成建制划归中国水文地质工程地质勘查院。2002年3月，由于主办单位中国水文地质工程勘查院工作性质和名称的改变，《水文地质工程地质》主办单位更名为中国地质环境监测院。

《水文地质工程地质》为中文核心期刊，双月刊，入选全国中文核心期刊（地质学类）、中国科技核心期刊、中国科学引文数据库（CSCD）核心期刊，CAJ-CD规范获奖期刊等荣誉称号，被中国期刊全文数据库（CNKI）、中国科学引文数据库（CSCD）、美国《剑桥科学文摘》（CSA）、美国《化学文摘》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ）、日本科学技术振兴机构数据库（JST）、万方数据知识服务平台、维普中文科技期刊全文数据库、超星出版域出版平台等收录。复合影响因子为1.723，综合影响因子为1.277。