本科现仅有1属3种。在中国境内仅分布有1种，为双孔鱼，分布于云南西双版纳的勐海和勐腊，属于澜沧江水系。国际上分布于老挝、泰国、湄公河、湄南河、夜功河、马来半岛北部及婆罗洲。

生活于淡水山涧溪流，全长最大为355毫米。体延长或呈圆柱形，或稍侧扁，腹部圆，没有棱。口下位，吻皮与上唇不分离，在口角处与下唇相连合，形成完整的漏斗状口吸盘，吸盘内表面具有许多排列整齐的乳状突。身体两侧各具两个鳃孔，鳃盖膜与鳃颊相连，其中上鳃孔通入鳃腔，为水流入鳃的主要通道。无须。第五对角鳃骨即下咽骨与前四对完全相似，具鳃耙2行，短小且排列紧密，数量140左右，无下咽齿。食物以藻类为主。侧线完全，侧线鳞38～43，贯穿于整个鱼体的中轴。背鳍没有硬刺，最后一根不分枝鳍条为软条，分枝鳍条数为9；臀鳍分枝鳍条数为5。

双孔鱼科为一个单源类群，与胭脂鱼科为科级的姐妹群。因双孔鱼科鱼类具有的特征（进水的鳃孔）以及对地理环境的诸多适应性状，推测其分化时间比胭脂鱼科和鲤科的始新世更迟。