外来种定殖是生物入侵过程的第二阶段。外来种定殖是经过一定时间对本地气候、环境的适应和一定的种群数量的扩增积累，已经适应本地气候和环境，开始归化为当地种。在这个时期虽然难以根除这种外来种，但仍然可通过人工、机械或化学及生态的方法控制外来种的蔓延，也是控制的理想时期。

外来种定殖对本地种的影响包括：外来种在本地的自然或人工系统中定居、自行繁殖和扩散，最终会明显影响本地生态环境，损害当地生物多样性；破坏景观的自然性和完整性，摧毁生态系统，危害动植物多样性，影响遗传多样性。