生物入侵风险评估是系统评估生物入侵风险的阶段，其主要目的是明确评估外来生物在传入、定殖和扩散等环节中的风险，明确其入侵可能性、潜在损失和环境影响等各项指标，以便人类根据自身能够接受的风险水平提出预防和控制生物入侵的措施，从而达到早期预警的目的。风险评估是生物入侵早期预警的核心环节，可用于评估某一外来物种的引入是否可行、有何风险，同时也可以作为当地管理部门对外来种进行管理、早期预警、确定监测重点对象，以及宣传教育的重要依据。国际组织及各国高度重视生物入侵风险评估相关工作，开展了大量的风险评估的工作和行动。例如，《生物多样性公约》（CBD）、世界贸易组织（WTO）的《实施卫生与植物卫生措施协议》、世界自然保护联盟（IUCN）的《IUCN关于预防外来入侵物种引起生物多样性丧失的指导原则》以及欧洲和地中海植物保护组织（EPPO）的《有害生物风险评价实施方案》等都对此做了相应规定。同时，一些发达国家通过利用生物入侵风险评估，加强对外来入侵物种的管理。澳大利亚提出了杂草风险评价系统（weeds risk assessment system），并利用该系统成功识别了370种（类）杂草中所有危害严重的杂草。美国先后开展了一系列有关杂草和水生外来生物的风险评估。中国制订了一些有关外来物种风险评估的法规和政策，如《全国生态环境保护纲要》第14条要求“对引进外来物种必须进行风险评估”。2004年，中国建立了全国外来入侵生物防治协作组，该机构的职责包括研究建立风险评估机制等。

建立生物入侵风险评估指标体系的原则包括：重要性、系统性、实用性和灵活性等。一般而言，生物入侵风险评估包括：程序启动、危害识别、风险评价和风险管理等环节。对于外来生物而言，生物入侵风险主要是指对经济、环境和人类健康等产生的影响和危害。入侵风险主要来自四个方面：环境作用、人为作用、自身作用和入侵后果。环境作用是适合外来物种入侵的各种生物和非生物的环境（如本地的捕食者、竞争者或天敌等）以及适宜外来生物生长、繁殖、扩散等的气候条件等的影响。人为作用是人类活动对外来物种入侵产生的影响，如人类对外来物种引入、扩散和暴发疏于防范或采取了不适当的干预措施。自身作用是外来物种本身具备的有利于入侵的生物学和生态学特性，如外来生物具有很强的繁殖能力、扩散能力以及对环境变化的适应能力。入侵后果是外来物种造成的经济、环境和人类健康等危害和损失。

生物入侵风险评估需要一定的技术性，开展风险评估方法可分为定性风险评估，半定量风险评估和定量风险评估。定性风险评估通常是指利用专业的知识或原则对外来生物的入侵风险等级进行排序。半定量风险评估主要是利用统计分析对外来生物的入侵风险等级进行排序。定量风险评估指通过使用案例研究或汇编的原始数据和模型模拟来进行物种的风险评估。定量风险评估技术研究及其应用已经成为生物入侵风险评估的主要方法，主要包括潜在地理分布风险评估、入侵可能性风险评估、潜在损失风险评估等。

环境变化会对外来生物物种特性产生一定的影响。入侵生物在入侵地的适应性进化成为入侵物种风险评估的基础。已有的入侵生物的风险评估体系大多建立在入侵生物的物种特性基础之上。随着外界环境的快速变化，外来物种的很多物种特性会发生明显的变化（表型可塑性），甚至出现快速的适应性进化。因此，将入侵生物的物种特性对环境变化因子的响应整合到现有的风险评估体系，更有利于全面地预测入侵生物的风险。