国家重点生态功能区是根据国务院2011年发布的《全国主体功能区规划》设立的。有25个重点生态功能区，覆盖了全国799个县行政单元。加强国家重点生态功能区环境保护和管理，是增强生态服务功能，构建国家生态安全屏障的重要支撑；是促进人与自然和谐，推动生态文明建设的重要举措；是促进区域协调发展，全面建设小康社会的重要基础；是推进主体功能区建设，优化国土开发空间格局，建设美丽中国的重要任务。

国家重点生态功能区规划与管理的思路与原则是：①树立尊重自然、顺应自然、保护自然的生态文明理念，以保障国家生态安全、促进人与自然和谐相处为目标，以增强区域生态服务功能、改善生态环境质量为重点，加强国家重点生态功能区环境保护和管理。②坚持生态主导、保护优先。把保护和修复生态环境、增强生态产品生产能力作为首要任务，坚持保护优先、自然恢复为主的方针，实施生态系统综合管理，严格管制各类开发活动，加强生态环境监管和评估，减少和防止对生态系统的干扰和破坏。③坚持严格准入、限制开发。按照生态功能恢复和保育原则，实行更有针对性的产业准入和环境准入政策与标准，提高各类开发项目的产业和环境门槛。根据区域资源环境承载能力，坚持面上保护、点状开发，严格控制开发强度和开发范围，禁止成片蔓延式开发扩张，保持并逐步扩大自然生态空间。④建立重点生态功能区保护和管理的新机制，探索建立基于生态产品与服务价值实现机制的重点生态功能发展模式。

国家重点生态功能区管理的主要措施包括：严格控制开发强度、加强产业发展引导、强化生态环境监管、完善生态补偿制度和考核机制等，保障重点生态功能区的生态空间比例、提高生态环境准入门槛，严禁不符合主体功能定位的项目进入，以及不适合主体功能定位的现有产业的退出，引导地方政府加强生态环境保护与恢复，提高生态产品与服务的供给能力。