水产种质资源保护区的建立需具备下列条件：①国家和地方规定的重点保护水生生物物种的主要生长繁育区域。②国家特有或者地方特有水产种质资源的主要生长繁育区域。③重要水产养殖对象的原种、苗种的主要天然生长繁育区域。④其他具有较高经济价值和遗传育种价值的水产种质资源的主要生长繁育区域。

2011年1月5日，中国农业部公布了《水产种质资源保护区管理暂行办法》，规定针对国家级和省级水产种质资源保护区主要保护对象的繁殖期、幼体生长期等生长繁育关键阶段设定特别保护期。特别保护期内不得从事捕捞、爆破作业以及其他可能对保护区内生物资源和生态环境造成损害的活动。禁止在水产种质资源保护区内从事围湖造田、围海造地或围填海工程，禁止在水产种质资源保护区内新建排污口。严格控制在水产种质资源保护区内从事修建水利工程、疏浚航道、建闸筑坝、勘探和开采矿产资源、港口建设等工程建设。