标志层有穿时性标志层和等时性标志层两种类型。①穿时性标志层。只能用于岩石地层单位的对比，如地层中的砂岩夹层、煤层、蒸发岩层等，一般都是非等时性标志层。②等时性标志层。包括火山灰层、小行星撞击事件层及风暴岩层等，可以用于年代地层单位的对比。例如，华南二叠—三叠系过渡层中的界限黏土层，广泛分布于华南绝大部分省区，可以进行等时性对比；白垩系顶部地层（约6600万年）具有全球性的铱元素富集现象，可针对该等时性标志层进行生物大灭绝、火山活动和小行星撞击等事件的相关研究。

标志层在岩石地层对比中起着重要作用，一些重要的标志层，如华南地区南华纪的冰碛岩和早寒武世的黑色页岩，由于分布范围广、特征明显，可以作为不同地区，尤其是相隔较远地区之间地层对比的重要纽带。