孢囊壳体具纵沟及横沟，横沟位于赤道或腰部，将壳体分为上壳和下壳，故名横裂甲藻。横裂甲藻的细胞壁由多个板片组成。板片有时具角、刺或突起，表面常有圆形孔纹或窝纹。板片的形态构造和组合情况是鉴定种的标准。

地层中重要的沟鞭藻化石即属于此纲，沟鞭藻的形态各种各样，有球形、卵形、菱形和鼎形。识别它们的标志有3点：①具有沟。一条横沟位于藻体赤道附近，一条纵沟位于腹面，与横沟大致垂直。沟中各有一根鞭毛，靠鞭毛的摆动使藻体作旋转运动。在化石状态下不见鞭毛，但沟还常能显示。②板式。藻体壳面被隔壁缝脊或点线等分成若干多角形区域或板片，它有一定的排列方式，称为板式。在化石状态下，板式或者较明显，或者由表面的纹饰构造颗粒、突起脊等反映出来。③古口。大多数化石沟鞭藻的壳壁上有一规则的多角形开口，由板片脱落而成。

在光照和水温适宜时，甲藻能够在短时期内大量繁殖，每年有大量甲藻死亡后沉积到海底，是生油地层中的主要化石。在世界各国的石油勘探中，常常把甲藻化石当作地层对比的主要依据。由于甲藻的生态适应性范围较小，还可用甲藻的化石推测古代地貌或古地理，如古代的水体形态、水的含盐量以及水深、水温、光照强度等。