生于琉球王国首里城山川村(现属日本冲绳县那霸市)，卒于日本东京。出身琉球底层士族富名腰家族。年少时拜入琉球唐手和剑术名家安里安恒与糸洲安恒门下，修习武艺，通习当时唐手的两大流派昭林流（后称首里手）和昭灵流（后称那霸手）以及剑术示现流的招法。21岁时，船越义珍开始在家乡担任教师，在自己修习唐手的同时，他也积极地参与唐手在冲绳地区的普及活动。1919年他开始担任冲绳师范学校课外体育课程指导，1921年率冲绳小学生在当时的日本皇太子面前表演唐手，次年他在日本文教省举办的第一届体育展览会上表演唐手，因击倒俄国拳手而名声大震，而唐手也开始在日本本岛迅速传播。1924年船越主持了唐手首次段位授予。为了便于在日本本岛的推广，1935年船越义珍在著作《空手道教学方式》一书中正式将“唐手”更名为“空手”，这两个词的日文发音相同，但写法不同。1936年船越义珍在东京设立松涛馆，传授空手道，而“松涛馆流”也逐渐成型。1948年，以船越义珍的弟子成立“日本空手协会”(JKA)，并推举船越义珍出任第一代的最高师范，但后来日本空手协会内部因为是否应该发展技击比赛而产生争执，为保持中立立场，船越义珍于1956年退出了协会。

虽然在船越之前也有很多空手（唐手）高手为此项运动的现代化与传播普及做出了努力，但此项运动发展中最为重要的里程碑，如传入日本本岛、设立段位以及成立全国性协会均主要归功于船越义珍及其弟子，因而他也被尊为“现代空手道始祖”。