该方法对样品中活菌密度的估计是一个最可能数，用MPN/100毫升（克）表示。MPN法适用于测定在一个混杂的微生物群落中虽不占优势，但却具有特殊生理功能的类群，主要利用待测微生物的特殊生理功能的选择性来摆脱其他微生物类群的干扰（见选择培养），并通过该生理功能的表现来判断该类群微生物的存在和丰度。该方法特别适于估算土壤微生物中的特定生理群（如氨化、硝化、纤维素分解、固氮、硫化和反硫化细菌等）的数量和检测污水、牛奶及其他食品中特殊微生物类群（如大肠菌群）的数量。缺点是只适于进行特殊生理类群的测定，结果也较粗放，只有在因某种原因不能使用平板计数时才采用。

具体方法为：将待测样品进行一系列连续稀释，一直稀释到将少量（如l毫升）的稀释液接种到新鲜培养基中不出现生长繁殖。根据没有生长的最低稀释度与出现生长的最高稀释度，采用“最大概率数”理论，可以计算出样品单位体积中细菌数的近似值。具体地说，待测样品在特定培养基中经多次10倍稀释后，一定量的菌液中细菌可以极少或无菌，然后每个稀释度按一定的重复数接种于适宜的液体培养基中。培养后，将有菌液生长的最后3个稀释度（即临界级数）中出现细菌生长的管数作为数量指标，查阅相应的MPN表得出近似值，再乘以数量指标第一位数的稀释倍数，即为原菌液中的含菌数。各种管数对应的MPN值和MPN表都是通过统计学分布公式，经过严密的计算过程得出的。每个浓度稀释液接种的平行管数可以是3、5、10或者更多，平行样品的数量越多，精确度越高。

表中显示的是某样品在连续10倍稀释中的生长情况统计，在接种l0^-3～10^-5稀释液的试管中5个重复都有生长，在接种10^-6稀释液的试管中有4个重复生长，在接种10^-7稀释液的试管中只有1个生长，而接种10^-8稀释液的试管全无生长。由此可得出其数量指标为“541”，查5管法的MPN表得近似值17，然后乘以第一位数的稀释倍数（10^-5的稀释倍数为100000）。那么，1毫升原菌液中的活菌数＝17×100000=1.7×10⁶，即每毫升原菌液含活菌数为1.7×10⁶个。