1897年3月22日，由山田季治和头本元贞合力创办。初衷是为日本人提供阅读英语的机会，以促进日本融入国际社会。1918～1943年先后合并《日本邮报》（Japan Mail）《日本广告报》（Japan Advertiser）和《日本纪事报》（Japan Chronicle），1943年改英文名为Nippon Times，1956年又改回Japan Times。起初为独立经营，1931年起，日本政府逐渐掌握经营控制权。1933年，外务省任命外交官芦田均担任报社总编。第二次世界大战期间，该报成为日本帝国政府的宣传工具。读者对象主要是在日本的外国人士，故言论注意外侨利益，多反映时事政治。在东京设有总社，大阪设有分社，在横滨、座间有两个通讯支局。报社还办有英语小报《日本时报周刊》（Japan Times Weekly）和旨在帮助日本人学习英语的《ST周刊》（Shukan ST）。1996年，报社被日本零部件制造商利富高（Nifco）收购。2013年10月16日起，与《纽约时报国际版》（International New York Times）捆绑印刷与销售。2017年6月30日，利富高于将《日本时报》出售给公关公司News2u Holdings, Inc.。