大喜马拉雅结晶杂岩系的底部以喜马拉雅主中央逆冲断裂为界，顶部以藏南拆离系（STDS）为界。大喜马拉雅结晶岩系中岩石主要以晚元古界—下寒武统变质沉积岩为主，广泛发育寒武纪-奥陶纪花岗岩，另外还有少量年龄为8亿～12亿年的岩浆岩。这些岩石普遍经历了高级变质作用，形成含蓝晶石-夕线石的片麻岩、片岩和混合岩等。从中央逆冲断裂带到STDS，大喜马拉雅结晶岩系的变质程度通常从底层向上部增高，又从中部到上部向STDS较低。在大喜马拉雅结晶岩系的顶部，广泛发育与深熔作用有关的中新世淡色花岗岩。大喜马拉雅结晶岩系中的新生代变质作用可以分为两个阶段：第一阶段以进变质作用为特征，发生在始新世—晚渐新世，可能与地壳加厚有关；第二阶段以退变质作用为特征，主要发生在早中新世和中中新世，伴随着大喜马拉雅结晶岩系的剥露抬升。