城市轨道交通线路修建于地上和地下，会受到雨水、地下水和其他水源的影响。同时，城市轨道交通的建设、日常运营和维护保养等活动会产生废水和污水。排水系统将这些不同的水分类集中后，通过重力自流排放或水泵抽排的方式，将水排入城市排水系统，确保城市轨道交通设施设备的安全和稳定，保证列车的正常运行。生活及粪便污（废）水单独排放；结构渗漏水、冲洗及消防废水、地下车站的敞开出入口及敞开风井口部雨水等按合流制排放。污水、废水及雨水的排放结合车站及区间的形式，采取相应的排水方式。

排水系统通常分为车站排水、区间排水、局部排水和车辆基地排水。①车站排水、区间排水。高架和地面车站、区间通常采用重力自流排放，地面和高架车站的屋面雨水单独排放，可按重力流或虹吸压力流设计；各类泵房、环控机房及设有湿式报警阀组、倒流防止器等的区域设排水设施。②局部排水。地下车站、区间在无法自流排放时，采用水泵抽排。排水泵采用液位自动控制和就地控制两种控制方式。车站和区间主排水泵、隧道洞口雨水泵在车站控制室实行远程控制，并在其水池内增设浮球液位仪作为超高水位报警备用装置。在不能自流排水但可能集水的局部低洼处，宜设置局部排水泵房。③车辆基地排水。车辆基地及停车场内排出的含油、含酸、含碱及重金属有毒的生产废水，经过处理达到排放标准后排放。运用库、检修库等大型库房的屋面雨水排水采用满管压力流排水系统，其他屋面雨水排水采用重力流排水系统。车辆基地及停车场内的生产废水、生活污水宜集中后按重力流方式接入城市排水系统。当不能按重力流方式排放时，通过排水泵提升并经消能井消能后，可排入城市污水排水系统。