1994年10月9日由国务院令第167号发布，自1994年12月1日起施行，其后分别于2011年1月8日和2017年10月7日进行了两次修订。共5章44条。《条例》对自然保护区进行了界定，明确自然保护区建设和管理工作中应妥善处理的关系，并确立了自然保护区综合管理与分部门管理相结合的管理体制。列明了自然保护区建立的条件；明确了自然保护区的分级及审批权限；确立了自然保护区的分区制度；明确了自然保护区的管理机构及其职责和需要采取的管理措施。对违法行为规定了相应的法律责任。随着实际工作的开展，《条例》在以下方面需要进一步规范与完善：明晰国家综合管理部门、地方政府、保护区管理机构的职能职责，保护区的科学分类及据此应达到的不同的管理目标和应采取的不同的措施，保护区的设立审查制度，自然资源资产产权制度，保护区内土地权属处理，自然资源资产产权流转制度，核心区和缓冲区的集体土地、山林的统一管理等。