2003年6月4日由国务院第10次常务会议通过，同年6月16日由国务院发布，自发布之日起施行，后于2011年1月8日进行了修订。修订后的《条例》分为总则、医疗废物管理的一般规定、医疗卫生机构对医疗废物的管理、医疗废物的集中处置、监督管理、法律责任、附则7章，共57条。《条例》界定了医疗废物的范围，确立了医疗废物分类目录制度。《条例》要求医疗卫生机构和医疗废物集中处置单位建立、健全医疗废物管理责任制，防止因医疗废物导致传染病传播和环境污染事故；执行危险废物转移联单管理制度；采取有效措施，防止医疗废物流失、泄漏、扩散。禁止转让、买卖医疗废物，明确了医疗卫生机构在收集、运送、贮存、处置医疗废物方面应采取的措施。《条例》为医疗废物建立了集中处置制度，确立了医疗废物监督管理体制，明确了监管措施以及医疗卫生机构和医疗废物集中处置单位的配合监管义务。