19世纪末至20世纪初，水资源开发利用程度低下，水环境管理主要着眼于水资源的多功能特性、强调水资源的综合开发和利用。20世纪80年代，水资源管理与水环境管理相互独立，前者侧重于评价水资源的可利用量、水资源的合理配置和调度等；后者多关注水的物化特征、污染物迁移转化规律及机理、污染负荷削减、水质管理等。80年代以后，随着水资源与水环境的相互作用日益显著，人们意识到水资源和水环境是不可分割的系统，需综合管理才能实现各自的目标。水环境管理经过阶段性发展，已成为对水质、水量的综合管理，从注重水资源本身的综合利用转向水环境的综合管理，即对水、土资源及其他相关资源的开发、利用和保护进行统一规划与协调。

水环境管理的目标：通过行政、法律、经济和技术手段，对水量、水质进行统一管理，并促进污染物减排、水质恢复工程等的有效实施，从而达到防止水污染、合理配置水资源的目的，维持社会发展对水环境的需求。其最终目的是满足可持续发展对水环境质量的需求。

水环境管理的技术内容主要包括：水环境监测、水污染源识别与评价、水环境质量评价、水环境影响评价、水环境功能区划、水环境容量核算、水环境质量管理等。