探鱼仪的基本原理和测深仪相同。向海底发射超声波脉冲，被目标鱼群等水中的散射体以及海底反射的回波到达换能器，换能器将声压信号转换成电气信号，进行适当的增幅后表示。

在操作面板上设定深度范围、增益等各种参数，发射控制电路产生发射触发脉冲，经发射电路增幅后，通过转换开关驱动换能器。转换开关电路在发射脉冲时，将其切换至发射电路以保护输入微弱信号的接收电路。接收信号经前置放大后被转换成数字信号。对数字信号进行时间增益控制和显示增益控制后在显示器上表示。

按照发射接收波束的方式，可分为单波束、分裂波束、多波束和水平探鱼仪；按发射频率可分为单频、双频、宽频带探鱼仪。

单波束探鱼仪：单次发射并接收一个波束，一般垂直向下探测鱼群，可测得鱼群所处的深度、粗略判断鱼群大小。

分裂波束探鱼仪：换能器内置若干个阵列，所有阵列同时发射形成一个波束，但每个阵列单独接收目标物反射回来的声波，相比单波束可多获得目标物的水平位置信息。

多波束探鱼仪：换能器由阵列组成，每个阵列单独发射并接收信号。通过记录多个不同方向波束回波信号的时间强度序列并进行处理，进而得到鱼群和海底的映像图像，从而实现对鱼群的探测和定位。

水平探鱼仪：以机械扫描式和电子扫描方式水平全方位平面方式探测鱼群。用阵列型换能器产生扇形或伞状波束，朝所需要的方向发射探知鱼群或海底地形，可实时测得鱼群的动态和分布，大大提高了渔捞效率。

单频探鱼仪：仅有1种工作频率，探测精度较低，通常在中小型捕捞船上安装用于探测船体附近的水下鱼群。

双频探鱼仪：采用高低两种工作频率，可利用高频信号提高探测精度，利用低频信号增大探测区域。

宽频带探鱼仪：换能器使用宽频技术，得到整个频率带范围内的回波特征，信息量大，可提高目标的判别精度。主要用于水生动物目标的判别，个体大小及生物量的估算。