位于帕劳群岛东北约480千米。北起白令海西南边缘，南到菲律宾海沟南端的一系列海沟的一部分。南北长约650千米，最大深度为8527米。在马里亚纳海沟和雅浦海沟交界处附近的里雅斯特海渊，深11033米，是已知的太平洋最深点。

雅浦海沟具有典型的超深渊环境特点。海沟内有低温流体和冷泉生物群落，是研究超深渊冷泉生物群落对极端环境适应机制和生命过程的理想场所。超深渊带是地球生物圈当中位置最深的地方，位于大洋中6000米水深以下。超深渊带仅占全球海底面积的1%～2%，却是研究岩石圈、生物圈、水圈等各圈层相互作用以及极端环境生态系统的最佳对象之一。生物垂直分化是超深渊生物的一大特征。2016年，中国的蛟龙号已在雅浦海沟区域4955～6796米水深范围内进行了3次下潜作业，采集了不同水深段的生物、岩石、海水等样品，以研究超深渊生物的空间分布差异机制。雅浦海沟是一座无可替代的基因库。通过研究超深渊生态系统，了解这些生物在适应极端环境进化过程中可能形成的特殊生理代谢和防御机制，并将其应用于生物、医药、绿色工业和农业等领域。2017年3月，中国科学院深渊科考队在雅浦海沟7884米深度获取一尾深海狮子鱼样品，这是国际上在雅浦海沟首次发现狮子鱼，也是中国在深海获取的鱼类样品的最大深度。