吴县（今江苏苏州）人。明代画家钱谷之子。家贫而好学，父子皆好藏书，其父建有“悬磬室”为藏书楼。钱曾《读书敏求记》说：“功甫老屋三间，藏书充栋。白日检书，必秉烛，缘梯上下。所藏多人间罕见之本。”三伏暑热，钱允治抄补《水经注》，连抄十日不止，曾遭到坐客讥笑。他在卷末特地作《跋》记载此事，并欣然说明“老人殊不苦也”。钱谦益《列朝诗集小传》则称：“年八十余，隆冬病疡，映日钞书，薄暮不止。功甫殁，无子，其遗书皆散去。自是吴中文献无可访问，先辈读书种子绝矣。”天启元年（1621）冬，录《金人吊伐录》。天启三年，跋江阴李如一祭先文。其他手抄本有宋杨亿《西崑酬唱集》2卷，宋朱翌《猗觉寮杂记》2卷，元、明人著作《百花洲集》《秋兴集》《食物本草》《日用本草》《雷公炮制药性解》等几十种。

钱允治嗜书如命，卒后，其藏书多归于钱谦益所收藏。方志录其有《续选宋元诗余》2卷、《少室先生集》等，今未见。现存其辑笺《国朝诗余》5卷、《草堂诗余》6卷等。