内战的根源是图西难民回归问题。1959年胡图人政府进行的社会革命，导致大量图西人逃离卢旺达。20世纪90年代前后，非洲大湖地区约有50万以上图西难民，乌干达最多。1973年第二共和国成立后，以J.哈比亚利马纳为首的胡图人政府未能及时解决图西难民回国问题，与大湖地区图西难民组成的政党卢旺达爱国阵线及其武装力量卢旺达爱国军之间的矛盾日益加深。

1990年10月1日，卢旺达爱国军从乌干达向卢旺达北部边境发起进攻。虽然此次军事行动没有成功，但在P.卡加梅领导下，爱国军转移至卢旺达北部山区重组，在流亡海外的图西难民支持下很快恢复元气。1992年春，面对战场失利和西方国家的压力，哈比亚利马纳总统被迫与反对派进行和平谈判。从1992年7月至1993年8月，谈判双方签署了由7份议定书组成的《阿鲁沙协定》，确定了组成民主过渡时期政府和议会的原则。

毁于卢旺达内战的卢旺达银行

卢旺达内战爆发后涌入刚果民主共和国戈马的卢旺达难民

1994年4月国际红十字会在基加利附近提供医疗补给

1994年4月6日，哈比亚利马纳总统在结束大湖地区首脑会议返回首都基加利时，专机被导弹击落，胡图极端势力当晚发动种族大屠杀（见卢旺达种族大屠杀）。7月4日，卢旺达爱国军击败政府军，控制首都基加利，内战结束。

这场内战造成卢旺达数十万人死亡，给该国带来了极大的灾难，国家经济处于崩溃边缘。1994年，联合国在坦桑尼亚的阿鲁沙成立卢旺达问题国际刑事法庭，审判战争罪犯。联合国大会于2003年宣布将每年的4月7日定为“反思卢旺达大屠杀国际日”。