生于北部恩戈齐省，卒于卡鲁济。其父在1965年被选为布隆迪国民议会议员，后任恩戈齐省、卡根西省省长，在1972年的族群流血冲突中遇害，年仅7岁的恩库伦齐扎成为孤儿。1979年恩库伦齐扎小学毕业后，就学于基特加中学，1987年进入布隆迪大学。当时布隆迪大学各学院依据学生的族群身份招生，不准许胡图人学生进入军事学院学习，恩库伦齐扎虽申请进入经济科学院或高等军事学院学习，但没有被批准，后被指派到体育运动学院学习。毕业后，先在中学教授体育课程，后回到布隆迪大学任教。曾在军事学院做过演讲，执教过一支足球队。

1993年，布隆迪因族群冲突引发内战。1995年，图西人士兵进攻布隆迪大学，杀死约200名学生，恩库伦齐扎也险些遇害。随后，恩库伦齐扎逃离布隆迪。同年，以士兵身份加入当时的胡图人反政府武装保卫民主全国委员会。1998年任该组织副秘书长。在1999年的战斗中受重伤，侥幸逃生。2001年，保卫民主全国委员会-保卫民主力量举行第一次代表大会，恩库伦齐扎当选该党主席。

2003年11月，在国际社会的斡旋下，恩库伦齐扎与布隆迪总统D.恩达耶齐耶在南非行政首都比勒陀利亚签署和平协议，结束内战。根据协议，保卫民主全国委员会-保卫民主力量解除武装，加入布隆迪过渡政府，成为合法政党，恩库伦齐扎担任过渡政府中负责良政和国家总检察事务的国务部长。此后，恩库伦齐扎一贯提倡各族群融合与团结的理念，使保卫民主全国委员会-保卫民主力量获得布隆迪民众的支持，在2005年举行的一系列地方及议会选举中以较大优势取得胜利。2005年8月19日，恩库伦齐扎当选总统，26日宣誓就职。

就任总统后，恩库伦齐扎大力打压国内反对派，授意培养青年民兵组织作为政治暴力的工具，限制媒体的新闻自由。2015年大选前，宣布将寻求“第三任期”，招致国内反对派的不满和国际声讨。5月13日，布隆迪前总参谋长G.尼永巴雷发动政变，引发布隆迪局势动荡，15日被恩库伦齐扎武力镇压。2018年6月7日，恩库伦齐扎表示，其总统任期于2020年结束，不再寻求连任。

恩库伦齐扎统治期间，在族群问题上，致力于民族和解与团结，自2005年过渡期结束后，布隆迪国内再未发生大规模的族群冲突，政府和执政党内部都吸纳了胡图人与图西人成员。经济上，努力推动国家经济重建，优先发展农牧业、教育、医疗卫生、基础设施建设和回归难民安置工作，领导制定了布隆迪2012—2015年《第二代减贫发展战略》，力图创造有利于布隆迪可持续发展的良好环境。在对外关系上，重视东非共同体对布隆迪和平的重要作用，支持非洲反恐行动，与德国、法国、比利时等欧洲国家关系交好，对华友好。

2020年6月8日因心脏病发作逝世。