中药基原鉴定包括对中药材、饮片及复方的基原鉴定，其中对中药材的基原鉴定较为普遍。

中药材基原鉴定属于生物学和矿物学范畴，是其他鉴定的基础。以原植物鉴定为例，包括观察植物形态、核对文献、核对标本。对具有较完整植物体的检品，应注意观察根、茎、叶、花和果实等部位的特征，对花果孢子囊、子实体等繁殖器官应特别仔细，并做好记录。对不完整的样品，需要深入产地进行调查，采集完整植物标本，以便进行对照鉴定。根据已观察到的形态特征和检品的产地、别名、效用等线索，查阅《中国药典》和全国性或地方性的中草药书籍和图鉴，加以对照分析。在核对文献时，首先应查阅植物分类方面的著作，如《中国植物志》《中国高等植物图鉴》及有关地区的植物志等；其次再查阅论述中药品种方面的著作，如《新编中药志》《中华本草》《中药大辞典》等。必要时还需对原始文献即第一次发现该种（新种）时描述特征并定名的文献。初步鉴定出检品的科、属、种后，可以到相关标本馆核对已正确鉴定学名的标本。如有条件，可与模式标本（发表新种时所描述的植物标本）进行核对，或请有关专家、植物分类研究单位协助鉴定，使鉴定结果更为准确。中药饮片的基原是中药材。中药饮片基原鉴定应依据药材的生物形态、分类学、药材学知识，同时参照药材的规格等级、炮制工艺、道地性等进行鉴定。中药复方的基原是临床有效的中药饮片和经方，需要对配伍组成的饮片特征、经方沿用历史等进行鉴定。

中药基原鉴定是中药鉴定的根本，也是中药继承、研究、生产、资源开发及新药研究的主要依据，是所有鉴定方法的基础。对中药进行科学分类与鉴定，澄清基原，从源头上控制中药的质量，是中药经营、管理、生产、资源保护与利用、新药研究过程中必不可少的重要环节。