早在1600年前，中国东晋葛洪在《抱朴子内篇》一书中，已提到钱塘江河口水流是一种“其势不泄”的往复波动现象。1842年英国G.B.艾里采用调和函数描述河口水流波动现象，提出了河口潮波理论。19世纪末，圣维南方程用于河口水流研究中，成为近代河口水流计算的基础。近代河口泥沙运动研究始于20世纪50年代，美国H.A.爱因斯坦和R.B.克朗通过在旧金山湾多年的观测和试验，指出海水中黏性泥沙的运动形式与含沙浓度和絮凝作用有关，为揭示河口泥沙运动和河口河床演变的规律奠定了基础。

中国近代河口水文观测始于1913年，在长江吴淞口设立潮位观测站，记录逐时潮位过程。1917年在长江口、海河口、珠江口等处开展水量、含盐度、风速和风向、河床质和水下地形测量等。在河口泥沙运动和河口河床演变的研究站观测风浪、潮位等。20世纪50年代，开始在长江河口区进行全潮同步多条垂线水文观测。

由外海潮波向河口传播而引起的河口水位、流量的周期性升降和流动称为河口潮汐。由于密度的差异，河水与海水在径流潮汐和地形影响下，发生盐水和淡水的混合作用，并在交界面发生内部环流。随涨落潮，河口泥沙运动十分活跃，泥沙出现频繁的悬扬和落淤；泥沙颗粒间彼此黏结而絮凝成团，产生絮凝和团聚现象；在河底形成高含沙区，沉积成特有的拦门沙浅滩；在河口的口外海滨和沿海，由悬浮细沙形成的浮泥可自由流动。河口挟沙水流的运动引起河口河床的冲刷和淤积，使河口河床形态发生变化，不同类型的河口具有各自的发育特点和演变规律。河口水文学主要研究内容是河口的水流运动规律（包括入海径流的分配、潮波的传播和变形、盐水楔异重流等方面）、水的物理化学性质、河口的泥沙的来源、运动规律和河床变迁过程、河口三角洲的形成、入海河口的潮汐作用等。

河口水文学是河流水文学与海洋水文学的边缘学科。它把这两门学科的基本原理和方法综合应用于河口问题的研究中，并广泛吸收和应用流体力学、水力学、化学、生物学和地理学的研究成果和方法。河口水文观测是河口水文学研究的重要手段，包括定点的长期观测和不定点的短期观测。观测内容包括流速和流向、波浪要素、含沙量。建立河口水流和泥沙运动的物理模型和数学模型，借助计算机模拟和求解河口水流、泥沙运动的基本规律，是现代河口水文学研究的基本方法。