长江流域洪灾分布很广。干支流上游山丘区河谷台地、盆地和中下游平原湖区经常发生不同性质不同程度的洪灾。上游山丘区常遭受山洪、泥石流灾害；河谷台地洪水漫流成灾；中下游平原地面普遍低于河道洪水位，灾害频繁严重；河口海滨地区还有风暴潮袭击。随着经济社会的发展，长江流域洪灾的损失日益加剧。清同治九年（1870）长江大水，宜昌调查流量达105000米³/秒。荆江两岸堤防溃决，形成松滋口，这是长江有记载的罕见洪水。长江流域在1949年前的50年，年均洪灾受灾农田面积33万公顷。1931年、1935年、1949年、1954年洪灾累计受灾农田面积988.4万公顷，受灾人口6556万人，淹死31万余人。其中1931年沙市至上海沿江城市多被水淹，淹没农田333余万公顷，受灾人口2850万人，死亡14.5万人。1954年长江大水，汉口水位最高达29.73米，超出1931年汉口最高水位1.45米，经全力抢护，保住重点堤防和武汉市的安全，受灾农田达317万公顷，受灾人口1888万人，死亡3万人。1981年7月长江上游大水，四川省灾情严重，119县市被淹，受灾农田87.4万公顷，受灾人口1584万人，直接经济损失约20亿元。1998年发生继1954年后又一次全流域性大洪水，长江中下游湖南、湖北、江西、安徽、江苏省334个县（市、区）5271个乡镇受灾，倒塌房屋212.85万间，死亡1562人，其中湖南、湖北、江西、安徽四省平原区溃垸1975座。

长江有史志可考的防洪堤，始自公元前约500年，荆江大堤始于345年。最早可考的分洪工程为李冰于公元前256～前251年修建的都江堰工程中的飞沙堰分岷工程。圩垸始于先秦，到9世纪有较大发展，至北宋就成了中下游平原主要防洪工程。到明代，中下游平原区大小圩垸约1000处。1949年圩垸达2000余处，堤线总长33000千米以上，保护农田400余万公顷，许多城镇也受堤防保护。在1949年以前，长江防洪工程主要是堤圩和少量河道护岸工程等。1949年以后，经过几十年的治理开发与保护，长江流域初步形成了综合防洪减灾体系。长江中下游干堤按规划标准基本达标，部分支流和洞庭湖区、鄱阳湖区重点垸等堤防进行加高加固，形成了总长约34000千米的堤防体系，其中干流堤防约3900千米。结合兴利修建了以三峡工程为骨干的一批有较大防洪作用的干支流水库，流域水库总防洪库容达658.5亿立方米。中下游干流安排了荆江分洪区、杜家台等42处可蓄纳超额洪水约590亿的蓄滞洪区。整治了长江中下游部分干流河道，以及洞庭湖区、鄱阳湖区尾闾洪道。中下游湘、鄂、赣、皖四省实施了平垸行洪、退田还湖、移民建镇工程。长江防汛抗旱指挥系统正逐步完善，山洪灾害防治非工程措施体系初步建成，防洪非工程措施也进一步得到加强。

长江流域人口财富密集，防洪问题突出。由于长江中下游洪水来量大而河道泄洪能力不足，遇大洪水有大量超额洪量需妥善安排，部分地区防洪形势严峻；支流和湖泊堤防较薄弱，且未形成完整的防洪圈；蓄滞洪区建设滞后，计划分洪十分困难；小型病险水库点多面广，除险加固任务重；山洪灾害防御难度大；部分城市防洪排涝能力较低；中下游沿江排洪排涝能力严重不足；三峡水库运用后长江中下游水沙关系变化导致河势河床、江湖关系和蓄泄关系发生新的变化，防洪安全及河势稳定面临新的问题，局部河段崩岸问题突出。

长江防洪要重点加强洞庭湖、鄱阳湖和主要支流治理；抓紧实施重要蓄滞洪区建设，进一步开展上游控制性枢纽工程建设；加快长江中下游干流河道治理，加强城市防洪排涝能力建设和重点涝区治理，完成病险水库和水闸除险加固，进一步完善基层预警体系；加强以三峡水库为核心的干支流控制性水利水电工程联合调度，协调好防洪与水资源综合利用、水生态环境保护的关系，提高流域抗御特大洪水灾害的能力。