共焦显微镜的概念最早由美国计算机科学家M.L.明斯基（Marvin Lee Minsky，1927-08-09～2016-01-24）在20世纪50年代提出，并在80年代研制出商用共焦显微镜。 

共焦显微镜的原理如图所示，利用放置在光源后的照明针孔和放置在检测器前的探测针孔实现点照明和点探测。来自光源的光通过照明针孔聚焦在样品焦平面的某个点上，该点的反射光或激发出的荧光成像在探测针孔上，该点以外的任何发射光均被探测针孔阻挡或衰减。照明针孔与探测针孔相对于被照射点或被探测点来说是共轭的，因此被探测点即为共焦点，被探测点所在的平面即为共焦平面。共焦显微镜一般有反射式和透射式两种。共焦显微镜通常利用横向和轴向扫描技术获得整个样品的三维信息，并可有效滤除杂散光，具有高的空间分辨率和图像对比度。

共焦显微镜原理示意图

共焦显微镜可有效去除杂散光、提高成像分辨率，广泛应用于药理学、神经科学、生物细胞学等领域。