如正常人消化道中有许多种细菌共存，这些菌群之间相互制约而维持着平衡的共生状态。当长期应用广谱抗生素时，敏感菌群被抑制，使肠道内菌群失调，以致一些对药物不敏感的细菌得以大量繁殖，从而导致二重感染。青霉素引起的赫氏反应也属于继发反应，钩体病患者在接受首次青霉素治疗后，可因大量钩端螺旋体被杀死而释放毒素引起临床症状的加重反应。此外，利尿药噻嗪类引起的低血钾可以使患者对强心苷洋地黄不耐受。

继发反应不是药物本身的效应，而是药物主要作用的间接结果。某些继发反应可预测和避免，如为了预防二重感染的发生而避免使用广谱抗生素或不长期使用抗生素。通常停药后可逐渐恢复。