正式描述的现生有孔虫大约有6000种，而已知的化石种大大超过此数。在研究和描述现生和化石有孔虫时都以壳体为主要根据。有孔虫壳按其成分和构造可分几类：有机质壳的壳壁呈柔软有弹性的薄膜状的，统称为蛋白有机质壳或假甲壳素壳，如奇杆虫亚目；胶结壳由原生质分泌有机质或矿物质胶结物，黏结海底砂粒及其他矿物颗粒和动物骨骼碎屑形成，矿物质胶结物常为钙质、铁质或硅质；硅质壳的壳壁由分泌的蛋白石或二氧化硅构成，如硅房虫亚目。大多数有孔虫具钙质壳，钙质壳又可分方解石质和文石质两大类，其超微构造又有多种变化，因类而异。

个体微小，身体直径大多小于1毫米。有孔虫的软体是由原生质形成的单细胞，分外围的外质和中部的内质两部分。外质伸出丝状或分枝状伪足，有摄取食物、排除废物的功能，又是司运动和固着身体的工具；内质包含细胞核及食物泡等，司生殖、营养等各种生活作用。软体居于壳内，壳由原生质分泌的有机质或者有机质加矿物质构成，有些有孔虫分泌胶结物，再由胶结物黏结海底的沙粒和生物骨骼碎屑构成。

除极少数代表（例如奇杆虫亚目的部分属种）生活于淡水外，绝大多数生活于海底或营海洋浮游生活。有孔虫分两个生态类群，底栖类群占有孔虫的大部分，从滨海潮间带到深海平原都有分布，但在大陆架海底透光带内最繁盛。浮游有孔虫是大洋浮游生物群的重要组分，现代浮游有孔虫生活在从表层到1000米以上深度的水体中，从赤道到两极都有其分布。

化石有孔虫研究主要是应用于石油天然气的找矿勘探和海洋地质与海洋历史研究方面。世界各地海相生储油地层大多富含有孔虫化石，有孔虫化石的研究是随着石油开发事业的发展而发展起来的。