在今江苏无锡东门。最初为北宋政和（1111～1117）年间二程高足杨时讲学之地，后于其地建为书院。被视为二程学说南传的重要一环，有“闽洛中枢”之称。南宋初年，金兵南掠，杨时南归故里福建将乐，讲学遂废。南宋中，理学盛行，无锡当地士人建祠堂祀杨时，称龟山书院。元代废，改为东林庵。明成化（1465～1487）年间，邵宝重建于城南，复龟山之旧，王守仁应请作《东林书院记》，后又废。万历二十二年（1594），顾宪成革职回籍，与其弟允成讲学，至寓所不能容，即与高攀龙等人发起捐资，并得常州府、无锡县及邻近苏、松、嘉三府官员资助，于万历三十二年（1604）就杨时讲学故址重建书院。书院有大门、仪门，设中和、丽泽、依庸三堂，及燕居庙、道南祠、藏书楼并斋舍等，明末清初又陆续建成时雨斋、寻乐处等建筑。

书院奉孔子、祀杨时，“相与讲德论学”，以系道脉、树风声为己任。建立东林讲会制度，每年大会10日，每月小会3日，皆推会主一人主持讲会。顾宪成、高攀龙等先后主盟。顾宪成订立《东林会约》，就会中组织、会期、会仪等做出规定，作为书院中同人必须共同遵守的章程。并标明讲学宗旨、治学之方、学术趋向。首列孔子、颜回、曾参、子思、孟子为学要旨，次揭朱熹《白鹿洞书院学规》为院规，提出“饬四要，破二惑，崇九益，屏九损”。表明接续杨时、上承周程、下接朱熹、弘扬程朱之意。又主张学问经世，体现于顾宪成所拟联：“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心。”倡导士子以立志救世为己任，忤时抗俗，开“裁量人物，訾议国政”的讲学风气。一时朝野人士同声相应，“天下君子以清议归于东林”。

书院引发庙堂畏忌，被反对者指为“东林党”。明天启五年（1625），魏忠贤以“东林党人”之名构陷士人，又矫诏禁毁天下书院，东林书院首当其冲，片瓦寸椽不存。崇祯元年（1628），东林党冤案平反，次年书院重建。明清之际，高攀龙侄高世泰再开讲会，四方学者辐辏，其中陆世仪、刁包、李颙等皆来讲学，已以“勿谈时事”为戒，失去东林本色。康熙、雍正时经数次较大修缮，书院规制已不输万历盛时。乾隆以降，书院已成诸生肄业场所，虽也弦歌相续，但少有当年士人学子讲会之精神风貌。咸丰十年（1860）一度毁于兵火，后修复。光绪二十八年（1902），原址办为东林两等小学堂。现为江苏省重点文物保护单位。