在漫长的进化过程中，微生物基因组自发和随机地发生遗传变异，形成物种内与物种间的基因组多态性。经过长期基因组研究工作的积累，产生了大量的基因组多态性信息。使用数据库技术，设计搭建合理的数据库结构，将这些基因组多态性数据有效整合、组织和存储起来，同时开发基于基础数据库的管理、检索和比对软件，最终建立形成微生物基因组多态性数据库。

微生物基因组多态性数据库通常存储样本的元数据信息，内容涵盖微生物背景信息（包括分离时间、地点、来源等资料信息）、测序原始数据、组装结果、变异位点信息、分型结果、重要致病和耐药因子预测结果等。微生物基因组多态性数据库在微生物的系统分类、进化和生态学研究，以及预防和临床医学领域起重要的数据支撑作用。

微生物基因组多态性数据库可与其他数据库结合，让使用者能够全面挖掘微生物在传播与扩散过程中随时空、宿主、媒介变化所发生的核酸变异，为微生物进化和生态研究提供数据支撑。与经典传染病流行病学调查数据进行综合分析时，能够为追溯疫情源头、确定传播途径、界定扩散范围提供更加精细的证据，为及时、高效、低代价控制疫情提供理论与技术支持，在传染病预防控制、预警预测、疫苗发展等领域具有引导性作用。