对环境保护目标责任的考核评价是落实环境保护目标责任的基本途径和主要保障措施，它有利于促进环境主管部门及其工作人员积极和创造性地执行环境保护工作，还有利于辨识执行过程中出现的错误或不足，不断修正或调整原定环境指标，最终实现环境保护目标。

环境保护目标责任考核评价主要采用分项考核的办法，不同项目的考核具有不同的标准：①对大气环境保护目标完成情况的考核。分为年度考核和终期考核，以各地区细颗粒物或可吸入颗粒物年均浓度下降比例作为考核指标。②对水环境保护目标完成情况的考核。分为年度考核和终期考核，目标主要包括地表水水质优良比例和劣Ⅴ类水体控制比例、地级及以上城市建成区黑臭水体控制比例、地级及以上城市集中式饮用水水源水质达到或优于Ⅲ类比例、地下水质量极差控制比例、近岸海域水质状况等5个方面。③对土壤环境保护目标完成情况的考核。分为年度考核和终期考核，目标包括受污染耕地安全利用率、污染地块安全利用率两个方面。④对主要污染物总量减排情况的考核。将总量减排和环境质量考核相结合，建立以环境质量考核为导向的减排考核制度，对未能完成能耗强度降低目标的省级人民政府实行问责，对未完成国家下达能耗总量控制目标任务的予以通报批评和约谈。