已广泛应用于临床。在MRI影像上，静止状态的液体（胆汁和胰液）呈高信号，而实质性器官及其他不含游离液体的背景结构显低信号，因此在高信号的胆汁与低信号的背景间形成最佳对比，可清楚地显示胆道系统。

MRCP是临床上最常用的水成像技术，主要适应证包括胆道结石、胆道肿瘤、胆道炎症、胰腺肿瘤、慢性胰腺炎、胆胰管变异或畸形等。常用的MRCP成像方式有三种：三维容积采集、二维连续薄层扫描和二维厚层块投射扫描。前两者可获得薄层原始图像，有助于管腔内小病变的显示，还可进行后处理且重建效果好，但扫描时间较长，如果患者呼吸运动不均匀，则图像质量更差；而厚层采集扫描速度快，管道结构连续性好，一般不会出现阶梯样伪影，但图像不能进行后处理，不能获得薄层原始图像，容易遗漏小病变。

由于是在生理状态下进行的检查，无因注射对比剂产生的胆管被动扩张。胆管或胰管的高位梗阻、高度狭窄或完全梗阻、外科术后或其他因素造成的上胃肠道狭窄或异常，都会影响内窥镜逆向胆胰管造影（ERCP）检查的成功率，而MRCP则不受这些限制，梗阻近端与远端的情况均可显示，但不适用于有腹水的患者。因此内窥镜逆向胆胰胆复管造影仅应用于少数特殊患者和需要介入性治疗的病例，大多数具有适应证的患者以MRCP作为首选的检查方法。